现代研究结果表明，大量上市公司的股权结构呈现“金字塔”型的复杂链条形式，随之带来了终极控制人控制权和现金流量权的分离，这种两权分离现象加深了终极控制人对于中小股东的利益侵害程度，造成了企业价值的降低。民营上市公司是我国资本市场上一股重要的力量，据统计，截至2011年底，我国A股市场民营上市公司共有1194家，中小企业板和创业板市场的兴起，更加促进了我国民营企业的发展。鉴于民营上市公司对我国资本市场的重要作用，股权结构对其价值的影响不可忽视，因而探讨金字塔股权结构与民营上市公司价值的关系，对改善公司治理，提高企业绩效有积极的意义。本文在界定了相关重要概念，详细梳理了前人的研究成果以及相关理论基础后，对我国民营上市公司整体金字塔股权结构状况进行了比较全面的初步研究，选取了金字塔股权结构民营上市公司2009-2011年三年的非平衡面板数据，以TOBIN’Q和ROA作为企业价值的代理变量，将金字塔股权结构分解为现金流量权、两权分离度、金字塔股权纵向层级以及横向维度、上市方式、股权集中度、股权制衡度等指标，分别建立各变量与企业价值之间的多元线性回归模型，研究了金字塔股权结构与企业价值之间的关系，并利用处置效应模型检验了金字塔股权结构的内生性问题，为回归分析结果提供佐证依据。主要研究结果表明：终极控制人拥有的现金流量权与企业价值成倒U型的非线性关系；两权分离度与企业价值呈现负相关关系；金字塔股权结构纵向层级对企业价值无显著影响，而横向维度与企业价值成正相关关系；上市方式对企业价值的影响不显著；股权集中度与企业价值成U型关系；股权制衡度与企业价值成正相关关系。本文结合上述研究结论，针对民营上市公司提出了一些政策建议：限制终极控制人的现金流量权，降低两权分离程度，提高股权制衡水平，同时加强市场对民营上市公司控股股东的监管，完善有关中小投资者保护的法律等。