肠黏膜相关淋巴组织由派尔氏结、孤立淋巴滤泡和肠系膜淋巴结、肠上皮细胞、肠上皮内淋巴细胞和黏膜固有层淋巴细胞组成。作为机体免疫的第一道防线，在机体免疫中起着非常重要的作用。肠道微生态系统是机体最为重要的微生态系统，不但对维持肠道正常的生理过程具有重要意义，而且与糖尿病、肥胖症等多种疾病的发生密切相关。粘膜免疫在清除和消除病原微生物的过程中，发挥了重大的作用。粘膜免疫包括非特异性免疫和特异性免疫，主要通过小肠潘氏细胞分泌的溶菌酶、防御素等进行非特异性免疫，并通过粘膜相关淋巴组织的B细胞分泌sIgA和T细胞介异的细胞免疫等特异性免疫来维持肠道稳态。　　 为阐明肠道微生态变化对黏膜相关淋巴组织的形态变化和免疫学特征的影响，利用DGGE、免疫组化等方面对三种不同级别实验小鼠即普通小鼠、清洁级小鼠、SPF小鼠的肠道菌群组成，以建立其肠道菌群指纹图谱，用变性梯度凝胶电泳技术对此三种不同级别小鼠的肠道（空肠前段部分、空肠后段部分、盲肠、结肠）菌群进行了研究，结果表明:普通小鼠各肠段亮条带数都在10条以上，不同肠段之间有共有优势菌，其中盲肠和结肠部分样品亮条带数多于空肠部分;清洁级小鼠和SPF小鼠有共同的优势菌种，其各肠段亮条带数在8条左右，并且每种小鼠的不同肠段之间有共有优势菌种，其不同肠段之间菌种组成差异不大。　　 对三种不同级别小鼠即普通小鼠、清洁级小鼠、SPF小鼠十二指肠、空肠、回肠等小肠组织的潘氏细胞形态结构和分布特征进行了研究，结果表明:随着实验小鼠微生物控制级别的增高，其潘氏细胞数量逐渐减少，在每种小鼠的小肠，其潘氏细胞分布从十二指肠至空肠至回肠的分布是依次递减;对三种级别实验小鼠结肠和盲肠PP与大肠腺面积比例进行了研究，PP的面积比也是随着微生物控制级别的增高而递减的，肠道微生态变化对实验动物GALT形态学特征的影响差异显著(P＜0.05)，对PP与大肠腺面积比无显著影响(P＞0.05)。　　 对三种级别小鼠十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠、直肠等部分sIgA的分布情况研究的结果表明，sIgA阳性细胞胞质呈棕黄色，胞核无色，呈圆形或卵圆形，主要分布在粘膜固有层和肠腺。统计结果表明，sIgA阳性细胞在十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠、直肠等各肠段的分布均以普通小鼠的最多，清洁级小鼠次之，SPF小鼠最少。在普通小鼠，肠道不同部位之间分布情况差异显著(P＜0.05)，其中十二指肠阳性细胞最多，直肠最少;在清洁级小鼠，其肠道不同部位之间阳性细胞分布差异显著(P＜0.05)，并且其肠道不同部位之间阳性细胞分布情况与普通小鼠相似，十二指肠内slgA阳性细胞最多，直肠最少;在SPF小鼠，其肠道不同部位之间阳性细胞分布差异不显著(P＞0.05)，其中回肠slgA阳性细胞最多，直肠最少。　　 对三种级别实验小鼠的十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠等组织CD3、CD4、CD8、CD19阳性细胞分布情况进行了研究，仅在有PP的肠段中观察到阳性细胞，呈棕黄色点状分布在PP，在十二指肠、空肠等小肠中观察不到，以在盲肠中的表达最多。其中普通小鼠阳性细胞覆盖面积在90％，清洁级小鼠在70％，SPF小鼠只有50％，其阳性细胞表达情况在三种实验小鼠的总体分布与sIgA相似。