有关生物大分子的各类研究是当前生命科学、化学、药学及临床医学研究中所共同感兴趣的课题。其中，特别是对药物小分子与蛋白质之间相互作用的研究，不仅有助于在分子层次水平上认识小分子与蛋白质的作用机理和规律，而且有助于认识药物药效作用，为药物分子设计、筛选及新药开发提供有益的启发与重要指导。 人血清白蛋白(HSA)是体内最重要的转运蛋白质，能和许多内源和外源性的物质如代谢物、药物和其它具有生物活性的化合物结合，起到存储和转运作用。因此对药物等小分子与HSA的相互作用的研究有助于理解药物的分配、传输、代谢和功效。溶菌酶(LXSO)是一种球状蛋白质，具有水解细菌细胞壁杀死细菌的作用。卵清蛋白(OVA)是单体磷糖蛋白，具有较好的起泡性、亲水性和乳化性能，加热后又易形成凝胶。LYSO和OVA像HSA一样也能和许多小分子物质如药物结合，从而对药物的代谢和功效以及酶的活性等产生影响。论文共分为四部分： 第一章：简要介绍了蛋白质的结构、功能和性质；综述了小分子药物与蛋白质相互作用的研究方法以及研究现状等。 第二章：利用荧光光谱、紫外光谱和分子模拟研究了模拟生理条件下新型核苷类药物与人血清白蛋白(HSA)的相互作用。实验结果表明，核苷通过静态机理猝灭HSA的内在荧光，计算了不同温度下药物与HSA相互作用的结合常数及位点数，分析了药物对HSA构象的影响，并根据热力学参数确定了作用力类型。分子模拟结果显示药物很好地结合在HSA的亚结构域IIlA。 第三、四章：利用荧光光谱、紫外光谱和分子模拟研究了模拟生理条件槲皮素(QCT)与溶菌酶(LYSO)和卵清蛋白(OVA)的相互作用。系统阐述了QCT猝灭LYSO和OVA的内在荧光的机理。计算了不同温度下药物与LYSO和OVA相互作用的结合常数及位点数，探讨了药物的结合对LYSO和OVA构象产生的影响。热力学分析可知，QCT与IXSO和OVA之间主要以疏水作用为主。此外，分子模拟结果表明了QCT与LYSO和OVA的结合区域和结合模式。