钓鱼城是巴蜀地区防御体系的枢纽。首先,钓鱼城与重庆制置司长期配合,阻拦了兀良合台从长江南岸北上的突击,粉碎了蒙哥亲帅大军从北南下的进攻。其次,指挥对其他城寨的救援、出击行动。钓鱼城通过渠江流域运粮补给上游城寨和川东北州县,支援夔州路战事;出兵收复广安军大良城、泸州神臂城;攻打顺庆府青居城、涪州三台城;出击潼川府、遂宁府等元军基地。这些都体现了钓鱼城在防御体系中指挥协调作用。钓鱼城的存在促使蒙(元)改变攻宋战略。蒙(元)受到山城防御体系的抵御,未能发挥闪电作战的优势,逐渐建设屯兵聚粮基地,与南宋长期对峙。不仅利用南宋旧城兴元、利州、沔州、成都、潼川等作为基地,还将青居、运山、大获、蓬溪等城寨据为已用。对于长期不能攻下的钓鱼城,则采取“以城制城”之策,在钓鱼城周围新建一批小型山寨,缩小对钓鱼城的包围圈。渠江流域修筑虎啸城、东安城、章广平山寨;嘉陵江流域修筑武胜城、定远城。由于钓鱼城的阻挡,川东夔州路久攻不下,迫使忽必烈改变策略,将主力转战襄樊地区。钓鱼城之役改变十三世纪的历史进程。首先,蒙哥死于钓鱼城之后,蒙军主力撤退,南宋得到喘息之机,延缓了南宋的灭亡。其次,蒙古汗国内部出现忽必烈和阿里不哥之争,造成蒙古帝国分裂成四个各行其政的汗国。最后,蒙古帝国停止对外扩张。西征的旭烈兀停军撤退,支援了埃及和叙利亚反抗蒙古的斗争。此后,西方的伊尔汗国和金帐汗国忙于内部争斗,停止对基督教和伊斯兰国家的进攻。钓鱼城成功抵抗的经验被后世吸收利用。钓鱼城在明代的鄢蓝之乱、张献忠入蜀、姚黄之乱,清代白莲教起义、太平天国起义、李蓝之乱中被借鉴,成为避乱保民的重要防御手段。深刻反映了钓鱼城在历史长流中的作用,体现城寨避乱经验在冷兵器时代的生命力。