随着中国正式加入WTO，中国将更快的融入世界经济全球化的进程，推动中国农业参与全球竞争是必然趋势。仔细研究世贸规则与《中美农业合作协议》不难发现，中国入世必将对中国的农业带来严峻的挑战，必须采取切实可行的制度安排和政策措施，依据中国的国情，运用WTO规则允许的方式，提高中国的农业竞争力。作为重要政策的农业补贴，其改革受到众多关注。本文主要运用实证研究的方法对我国农业补贴问题进行了探讨，认为我国目前的间接补贴体系效率低下必须改革，这也是适应入世以及我国农业生产形势变化的需要。改革的目标是建立直接补贴为主的补贴体系，该体系的政策目标主要是保证农民收入和环境保护，兼顾粮食安全，达到目标的途径是增强农产品竞争力，尤其是目前具有潜在竞争力但暂时没有市场竞争力的农产品。可采取的措施有税费改革，加大科技、环保方面的补贴，采用良种补贴、结构调整补贴等措施。由于入世对各地的冲击不同，中西部难以通过增加出口来增加收入，应通过其它措施来保证农民的收入，包括税费的减免、农业保险、直接价格支持，时机成熟可以考虑直接收入补贴。在粮食生产上，我国没有成本优势，但粮食安全问题需要我们稳定粮食生产。