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目的：1、选择一种高效、简洁快速、价格合理的粪便微量DNA提取试剂盒。2、上海一株猪源隐孢子虫的虫种鉴定。3、初步了解遵义部分腹泻儿童、肿瘤病人及家畜的隐孢子虫感染情况及其流行特征。方法：1、用三种不同的试剂盒提取粪便DNA,通过比较所提取DNA的浓度、纯度、提取率及巢式PCR产物等评价三种粪便微量DNA提取试剂盒。2、上海一份猪粪样品经改良-抗酸染色确定隐孢子虫感染,测量卵囊大小；提取DNA后经18SrRNA基因巢式PCR扩增,扩增产物测序后用Blast和MEGA软件进行同源性和系统发育分析。3、采集遵义医学院附院儿科腹泻患者及肿瘤科病人、周边乡镇狗、牛、猪粪便标本共582份,改良抗酸染色检测隐孢子虫卵囊,所有样本提取DNA后经18SrRNA基因巢式PCR扩增。结果：1、Genmed试剂盒提取的DNA浓度最高、PCR产物条带最亮,但提取时间相对过长,价格相对过高。天根试剂盒提取的DNA纯度最高,DNA浓度及价格适中,提取时间最短。碧云天试剂盒提取的DNA纯度、浓度均不高且提取时间最长,但价格最便宜。2、上海猪粪样品经改良-抗酸染色后卵囊呈玫瑰红色、圆形,其大小为(4.90±0.83)μm X (4.52±0.73)μm;通过18SrRNA基因分析,上海猪源隐孢子虫与巴西一株隐孢子虫猪基因型Ⅱ(Cryptosporidium sp. pig genotypeⅡ)同源性为100%,种系发育树上两者在同一分支。3、遵义采集的所有人畜粪便标本经改良抗酸染色,显微镜观察均未发现隐孢子虫卵囊；所有样本提取DNA经18SrRNA巢式PCR均未扩增出特异性片段。结论：1、Genmed试剂盒提取粪便微量DNA最灵敏；天根试剂盒提取DNA适于纯度要求较高的分子生物学研究。2、上海猪源隐孢子虫鉴定为隐孢子虫猪基因型Ⅱ{Cryptosporidium sp. pig genotypeⅡ)，3、通过对遵义地区部分腹泻儿童、肿瘤病人及家畜粪便进行检查,尚未发现隐孢子虫感染。