尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）是隶属于鲈形目（Perciformes）、丽鱼科（Cichlidae）的热带鱼类，原产于非洲，具有生长快、繁殖能力强、食性杂、抗病力强等优点，是世界罗非鱼养殖的主要对象之一。本文通过对尼罗罗非鱼配套系育种群体的遗传差异分析和配套效果的初步研究，从分子遗传学和数量遗传学两个方面来探讨了尼罗罗非鱼配套系育种群体的遗传背景。具体结果如下：1.尼罗罗非鱼配套系育种群体与参照群体线粒体DNA差异分析利用线粒体DNA控制区部分序列对尼罗罗非鱼（Oreochromisniloticus）4个配套系育种群体（吉诺玛、宝路、广东、新吉富）和4个参照群体（埃及、吉拉达、美国、鹭业）的遗传多样性和相互间遗传关系进行了分析。结果显示，配套系育种群体的单倍型数目较参照群体少，4个配套系育种群体核苷酸序列的多态位点数（S）在61～83之间，平均核苷酸差异数（K）为13.56～37.26，单倍型多样性（h）为0.2698～0.5493，核苷酸多样性（π）为0.0207～0.0569；4个参照群体相应的参数变化范围为4～67、0.50～32.95、0.1908～0.8023、0.0008～0.0503；AMOVA分析与群体间两两比较的遗传分化指数（FST）表明，这些群体间存在极显著的遗传分化（P<0.01）。利用Kimura two-parameter模型分析的系统发育关系表明：宝路、广东和新吉富3个配套系育种群体亲缘关系较近，它们聚为一大支；4个参照群体（埃及、美国、吉拉达、鹭业）和吉诺玛这5个群体聚为另一大支。单倍型网络（NETWORK）结果显示，配套系育种群体与参照群体间并没有明显的谱系分化。2.尼罗罗非鱼配套系育种群体与参照群体的微卫星DNA差异分析利用15对微卫星引物，研究了尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）4个配套系育种群体（吉诺玛、宝路、广东、新吉富）和4个参照群体（埃及、吉拉达、美国、鹭业）的遗传变异和遗传多样性。发现：4个配套系育种群体的平均等位基因数（Na）在5.00～5.73之间，平均有效等位基因数（Ne）在3.07～3.67之间，平均期望杂合度（HE）在0.6509～0.7126之间，平均观测杂合度（HO）在0.5378～0.6230之间，近交系数（FIS）在0.072～0.249之间，多态性信息含量（PIC）在0.5928～0.6529之间；4参照群体相应参数的变化范围为4.47～5.53、2.50～3.40、0.5707～0.6877、0.4978～0.6822、-0.008～0.184、0.5079～0.6252；除近交系数（FIS）外，其余5项遗传多样性参数均以鹭业群体最低。8个群体间存在极显著的遗传分化（P<0.01）；配套系育种群体有3个位点处于正向选择，参照群体有一个位点处于正向选择，说明较强的选择压力（包括人工选择压力）致使8个群体间遗传分化显著。基于遗传距离的UPGMA聚类关系树和STRUCTURE遗传聚类分析均表明：宝路、吉诺玛和新吉富3个配套系育种群体亲缘关系较近，它们聚为一大支；4个参照群体（埃及、美国、吉拉达、鹭业）和广东群体这5个群体聚为另一大支。3.尼罗罗非鱼配套系育种群体配套效果的初步研究以遗传背景相同的三个尼罗罗非鱼配套系育种群体（吉诺玛、吉富、新吉富）为研究材料，通过完全双列杂交，分析它们在不同生长时期体重和主要形态性状的杂种优势的变化规律。结果表明：新吉富（）×吉富（ɑ）的杂交子代未表现出明显的平均杂种优势和超亲杂种优势，且其杂种优势值在四个不同生长时期呈下降趋势，而其它5个组合均表现出明显的平均杂种优势和超亲杂种优势，其中以新吉富（）×吉诺玛（ɑ）杂交子代的杂种优势最明显，且在四个不同生长时期呈上升趋势；进一步分析发现吉诺玛群体与其他群体间杂交子代都可以表现出较好的杂交优势。