新修订的《农村土地承包法》首次以法律形式明确了土地经营权可以入股流转。土地经营权入股发展农业产业化经营能促进农业的适度规模经营,开拓农民增加财产性收入的渠道。农民权益是制定入股法律和政策的出发点,也是衡量土地改革是否落到实处的试金石,农民权益关乎入股试点之成果评价,更关乎农地流转改革之大局。然而,土地经营权入股的改革实践尚处于探索起步阶段,农民权益存在流失和受损的现象,潜在风险也并未得到有效的调节与控制。需要我们积极探讨与回应入股制度现存问题,加大入股农民权益的保护力度,以期对进一步深化改革有所裨益。土地经营权的性质是用益物权,该权利由土地承包经营权分设而来。土地经营权入股的本质在于农民通过将土地经营权转换成公司或股份合作社的股权并凭此获得收益。2017年新一轮的改革试点推进,重庆涪陵、四川崇州、黑龙江桦南、江苏武进等试点地区发展起了一批以土地经营权入股的公司、股份合作社。本文以“农民权益保护”的视角破题,提炼各地试点中存在的问题,着重分析了入股准备、股份运作、退股这三个阶段的农民权益受损的具体表现及其制度根源。在入股准备阶段,时常出现土地经营权价值评估偏低、违背农民意愿发动入股、妇女群体股东身份资格受侵害等现象。在股份运作阶段,存在着农民未能足够分享增值收益、对经营管理活动参与度低、隐名股东得不到应有保护、村委会行政干预等问题。而在退股阶段,农民退股自由性受限、失地风险增加、生存权保障亦不足。对于土地经营权入股的农民权益保护所存在的问题,提炼制度层面的原因,有针对性地提出了完善农民权益保护的法律对策。构建入股相关的法律体系,为权利的确认和保护提供法律依据;科学评估土地经营权价值,完善农民股东参与制度、健全利润分配机制,保障农民股东的知情权、参与权、收益权、监督权;循序渐进构建农民股东退出机制,探索股权转让的可行性,坚持“放活土地经营权”的初衷;通过入股保险、专项风险基金、土地经营权回购制度,多维度完善风险防控机制;做好确权登记颁证收官工作,发展独立的农村土地流转中介组织,完善农村社会保障体系。逐步剥离土地所承担的社会保障功能,实现土地经营权单一的财产权性质,摆脱权利属性“二元性”之困,但这一切都要以重视农民权益保护、消除农民后顾之忧为前提。