校企合作研发能充分利用企业和高校的优势，提高创新效率，因此越来越受重视。但是由于双方合作动机不同等原因，在校企合作研发的不同阶段会出现各种影响合作顺利进行的风险。知识产权风险是其中最为重要的风险，探索其影响因素及防范方法显得尤为重要。本文首先分析了校企合作研发知识产权风险的影响因素，将这些因素归纳为外部因素、合作伙伴因素、合作协议因素及合作技术因素，更进一步的将每个因素进行细分，共分为17个二级因素。其次运用模糊层次分析法对这些因素进行分析。最后得出如下结论：（1）总体上看，风险发生的概率处于很高的水平，其中合作伙伴因素、合作协议因素、合作技术因素的风险都很高，外部因素的风险水平一般；（2）准则层的四个因素重要度排序依次为：合作伙伴因素、合作技术因素、合作协议因素和外部因素；（3）指标层的因素排序依次为：合作技术的可实现性、企业的信誉程度、企业的合作动机、企业的经济实力、合作风险分担的合理性、企业的知识产权管理现状、合作技术前景的不确定性、合作成果分配的合理性、相关立法和政策、背景技术知识产权检索、合作技术评估、合作契约的完备性、企业的技术实力、企业重要员工流动频率、企业与高校的合作经历、市场知识产权风险指数、合作双方沟通及监督机制。