近年来,政府投资效率的提升引起了社会各界的广泛关注,国家审计机关能否按照相关要求使用财政资金不再是公众关注的重点。公众对受托责任的履行效率、履行情况投入了较多关注,他们更加关心财政资金发挥的实际作用。政府公共投资工程具有公共性、非营利性等特点,导致该类工程的效果不该再局限在项目是否达到预期、是否依照计划实施建设、效用是否显著等方面。如今,公共投资项目开始向多元化、长远化方向发展,它对环境、社会、经济产生了巨大影响。对于公共投资项目,公众对财政资金的使用效率、使用效果的关注,促使国家审计范围不断扩大、审计内容日益增加,国家绩效审计工作在实施过程中面临着巨大的挑战和压力。本文对国内的绩效审计理论和实践发展情况进行了论述,对我国当前的绩效审计情况进行研究和探讨。当前,我国绩效审计仍处于初步发展阶段,公共投资项目绩效审计在实施过程中暴露出诸多缺陷和不足,如审计观念落后、审计方法缺少先进性、各项资源匮乏、缺少制度保障等,本文利用文献研究法、比较研究法等方法开展研究工作后,对相关问题的成因有了进一步的认识和了解。将深圳市轨道交通项目第二期地铁项目作为研究对象,通过分析,指出公共投资项目绩效审计中存在的问题和缺陷,结合该类项目的实际情况提出一些完善对策。促进我国在开展政府审计工作时,关注事前审计,同时转变审计方式,采用国家审计与其他审计相结合的方式取代传统审计模式,以此来提升政府投资效率,确保公共投资项目能够达到预期目标,使公众的公共需求得到有效满足。