轮虫处于生态系统中食物链的中间环节，其种类组成和群落结构受到水体中盐度、温度、泥沙含量等非生物因子而变化，变化趋势在一定程度上反映了水环境的变化。20世纪90年代以来，人类活动对生态系统的影响越来越大。长江口深水航道整治一期工程、二期工程、三峡工程、南水北调等大型水利工程的建设改变了长江口水文条件，影响着长江口的生态环境，进而影响到长江口水生生物的生态特征。本文意在阐明大型工程修建后轮虫生态现状。2009年4月至2010年4月对长江口南支碎波带、2010年8月至9月份对长江口南北支水域、2010年10月至2011年9月对长江口北支轮虫生态现状进行了调查，通过对轮虫群落组成，密度变化以及群落多样性分析，探讨长江口轮虫群落特征。主要结果如下：1.长江口南支碎波带共采集到轮虫9科34属86种，轮虫优势种类为：盘状鞍甲轮虫（Lepadella patella）、针簇多肢轮虫（polyarthra trigla）、舞跃无柄轮虫（Ascomorpha saltans）、月形单趾轮虫（Monostyla lunaris）以及缘板龟甲轮虫（Keratella ticinensis）。运用MDS对这8个采样点轮虫种类进行聚类分析，水文条件相似采样点聚集到一起。轮虫的生物密度有随季节性变化出现差异，生物密度季节变化特征为：春季<冬季<秋季<夏季。其中影响轮虫种类与群落分布的环境因子为水温，透明度以及DO值。2.长江口南支与北支海域2010年8月共采集到轮虫8科10属14种，2010年9月共采集轮虫为8科18属24种轮虫。对轮虫密度进行分析，发现长江口南支与北支的轮虫密度以及种类组成有明显差别，南支轮虫密度高于北支轮虫密度且南支轮虫种类多样性明显高于北支轮虫生物多样性。不同水层轮虫密度不相同，距离表面近水层轮虫密度较大。对轮虫密度与相关水质因子分析，发现轮虫密度与浊度呈负相关，与叶绿素的含量呈正相关，与水温呈正相关，轮虫密度与盐度呈负相关。3.长江口北支五个采样点共采集轮虫6科18种轮虫，轮虫密度季节性变化为:秋季>夏季>春季>冬季。针簇多肢轮虫（polyarthra trigla）和舞跃无柄轮虫（Ascomorpha saltans）为常见种，长江口北支受海水入侵，水体中盐度变化较高，不适宜适轮虫生存，轮虫密度较小，综合分析理化指标发现：盐度是影响长江口轮虫分布的主要生态因子。本文通过两年来对长江口轮虫初步调查，初步了解长江口轮虫群落种类分布情况，为以后对轮虫进一步调查与生态修复研究奠定了理论基础。