DMBA诱导金黄地鼠口腔正常颊粘膜向癌前病变转相关致病基因的筛选和生物信息学分析

来源 :重庆医科大学 重庆医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:suzengbiao
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背景:口腔癌约占全身恶性肿瘤的2%,其中90%为鳞状细胞癌。颊癌是最常见的口腔癌之一。口腔癌变的发生是一个多阶段、多步骤、涉及多基因改变的复杂病理过程,不同基因在癌症的不同发展阶段扮演不同的角色。目前研究也证实:口腔粘膜癌变过程是由正常口腔粘膜上皮一粘膜上皮异常增生(癌前病变)→口腔鳞癌的连续动态变化过程。因此,若能从分子水平通过有效的干预方法预防癌前病变的发生,这将对口腔癌的有效预防产生重大意义。   目的:利用Agilent大鼠全基因芯片结合生物信息学分析筛选金黄地鼠口腔正常颊粘膜向癌前病变转变的相关致病基因。   方法:用0.5%DMBA丙酮液诱导建立金黄地鼠颊粘膜癌前病变模型,提取正常及癌前病变组织的总RNA,合成单标Cy3荧光标记的cRNA,与含有41000个基因/ESTs序列的Agilent大鼠全基因表达谱芯片杂交,以Ratio≥12和Ratio≤0.5为阈值筛选差异表达基因,用RT-PCR对部分差异表达基因进行验证。然后对差异表达基因行功能分类(GeneOntology,GO)和信号通路(Signaling Pathway,P<0.05)分析。   结果:金黄地鼠口腔正常颊粘膜向癌前病变转变共有1331条基因发生差异表达,其中已知基因1278条,未知基因53条,上调基因747条,下调基因584条。对上调Atp6vod2和下调sfrp2基因行RT-PCR验证结果与芯片结果相符。GO分析发现这些差异基因主要分为细胞生理过程调节和细胞结构等8组功能类。Pathway通路分析表明以上1278条已知差异基因共有14条有显著性意义的基因相互作用通路(P<0.05),在1278条差异基因中只有21条基因在以上14条通路中发生富集。   结论:金黄地鼠口腔颊粘膜癌前病变的发生是由众多基因改变并通过各自不同通路的作用所导致。其中Cyp2b13、Orc1L、casp8、CCL5、CXCL12、CCL20、Serping1、P518/Qrfp、F5、TFPI、Vcam1、Fn1、Angpt2,Lcp2、Cxadr、Lyn、Hck、Btk、RGD1564385/fes、Vav1、IL5rα基因是口腔颊粘膜癌前病变形成的重要候选基因。针对能有效调控这些基因或针对它们作用的通路的各种抑制剂可能为治疗和有效预防口腔癌癌前病变提供好的方法。
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