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青藓科(Brachytheciaceae)是侧蒴藓类中最大的科之一，其形态特征变化较大，在很大程度上表现出平行演化的特征，而且易受环境的影响，因此，青藓科的属间、属内种间在分类上一直存在很多争议。本研究共收集2000余份青藓科新鲜标本，根据向国外主要标本馆借阅的近百份模式标本，确定中国青藓科植物59种，其中《中国苔藓志》未报道的有3种(Rhynchostegium patulifolium，R．celebicum，Eurhynchium pulchellum)，中国特有种15种。在收集标本的基础上，通过分子系统学的研究，运用叶绿体基因片段trnL-F和psbT-H以及核基因片段ITS2序列，按照NJ、MP、ML、BI法则分别构建中国青藓科植物的系统发育树，并结合形态学特征对青藓科在分类中存在的问题进行深入的讨论，在此基础上提出中国青藓科新的分类系统，研究的主要结论如下：1．分子数据所构建的系统树显示，大多数Brachythecium种类分成2个分支，因此根据系统树的结构可以把青藓属分成两个属：Sciurohypnum和Brachythecium，前者包括Sciurohypnum plumosum，S．reflexum，S．populeum，S．moriense，S．amnicolum，S．viridefactum等；后者主要包括其他Brachythecium种类。同时提出新组合：Sciurohypnum moriense(Besch．)Liu et Y．F．Wang、S．amnicolum(C．Muell．)Liu et Y．F．Wang、S．viridefactum(C．Muell．)Liu et Y．F．Wang。2．分子证据证明了Oxyrrhynchium作为属的地位的确立，并提出3个新组合：Oxyrrhynchium filiforme(C．Muell．)Liu et Y．F．Wang；Oxyrrhynchium patulifolium(Cardot & Ther．)Liu et Y．F．Wang；Oxyrrhynchium celebicum(Lac．)Liu et Y．F．Wang。至此，中国Oxyrrhynchium种类有：O．savatieri、O．hians、O．filiforme、O．laxirete、O．patulifolium、O．celebicum、O．vegans7个种。3．Rhynchostegium riparioides(Platyhypnidium riparioides)始终在Rhynchostegium分支中，并且具有很高的支持率，不支持Platyhypnidium作为属的地位处理。4．Bryhnia是一个多系类群，Bryhnia novae-angliae和B．trichomitria构成了Bryhnia的核心类群。分子证据证明，Bryhnia serricuspis应作为Kindbergia praelonga的异名。5．Tomentypnum nitens始终聚在外类群中，因此，本研究支持Heden(?)s的观点，将Tomentypnum从青藓科中调出。6．Okamuraea和Rhynchostegiella、Cirriphyllum聚在一个分支中，该结果和Ignatov，Huttunen，Tsubota等的研究结果一致，支持Okamuraea调回青藓科的观点。7．Rhynchostegiella laeviseta在系统树中始终聚在Brachythecium分支中，因此，将该种调到Brachythecium中，提出Brachythecium laeviseta(Broth．)Liu et Y．F．Wang新组合。8．在系统树中Rozea、Isothecium、Duthiella的种类，毫无例外地聚到了外类群中，因此分子证据证明这三个属不应放到青藓科中。根据本项研究的结果，提出中国青藓科植物有14个属：Brachythecium，Bryhnia，Sciurohypnum，Kindbergia，Myuroclada，Camptothecium，Oxyrrhynchium，Cirriphyllum，Okamuraea，Rhynchostegiella，Rhynchostegium，Palamocladium，Eurhynchium，Homalothecium；在《中国苔藓植物志(第七卷)》记录的属的基础上新增加4个属：Sciurohypnum、Oxyrrhynchium、Okamuraea、Kindbergia。提出Tomentypnum不属于青藓科。认为Rhynchostegium，Palamocladium，Homalothecium种类是青藓科的基部类群。本研究结果不支持Huttunen & Ignatov将青藓科分成4个亚科的观点。对鼠尾藓Myuroclada maximowiczii形态及遗传多样性的研究表明，鼠尾藓具有较高的多样性水平。不同居群间的遗传距离和它们的地理距离在一定范围内存在相关性。鼠尾藓的叶细胞的大小及叶尖长短在居群间具有一定程度的变异，因此，推测这些形态特征是受环境因素影响，代表了种下水平的差异；而叶片的形态在居群间变异较小，则很好地代表了这个种的特征。该部分研究还探讨了形态变异和遗传多样性的关系，为种、亚种或变种的界定提供了参考。本研究利用trnL-F、psbT-H基因片段以及核ITS2序列，结合形态学特征，对中国青藓科植物(包括中国特有种15种)进行全面系统的研究和分析，提出7个新组合，将1个属排除在青藓科之外，同时在现有记录的基础上，新增加4个属。通过分子系统学研究指出了青藓科分类系统中的一些问题，为青藓科及其相关科属的系统研究提供翔实的分子资料。