作为全国农业大省,四川省在农业科技创新方面存在要素投入力度不足、创新产出较少、产出效率较低等问题,因此,研究如何优化四川省农业科技这一领域的投入机制,用尽可能少的投入来“换取”更多的产出,发挥农业科技这一方面的创新投入要素优势意义重大。本研究首先根据文献回顾结果与数据可获得性,遴选出农业科技创新的投入指标与产出指标,然后进行数据收集与分析,并运用数据包络分析法（DEA）测算出四川省各市（州）2010-2017年的农业科技创新综合技术效率值、纯技术效率值以及规模技术效率值,以分析各市（州）农业科技创新水平的差异。其次,通过DEA-Malmquist指数动态分析法,研究在可变规模报酬下四川省各市（州）2010-2017年全要素生产率变化。最后,运用本文选用LMDI模型,将四川省21个市（州）的专利申请量变化分解为:单位科技经费的专利申请产出、单位科技人员的科技经费支出、农业科技活动人员三个影响因素,通过对这些影响因素的分析,得出各个影响因素对专利申请量的贡献大小,以充分发挥各地区的比较优势,各地区应该调整对农业科技创新的投资结构,提高各因素对专利申请量的贡献率,以提高四川省农业科技创新效率。本文通过理论分析和实证研究,得到的主要结论:第一,2010-2017年四川省农业技术效率的降低是由纯技术效率和规模效率共同作用的结果。第二,只有成都市、攀枝花市、广元市、遂宁市、内江市、达州市六个城市的农业科技创新方面的“投入产出比”效果最好,其余城市没有充分利用农业生产的科技创新和投入。第三,四川省各市（州）综合效率较低主要是受规模效率的影响,规模效率的高低在很大程度上反映了四川省各市（州）的农业科技创新综合能力。第四,四川省各市（州）专利申请量变化的分解因素效应差异明显,单位科技经费的专利申请产出、单位科技人员的科技经费支出、农业科技活动人员这三个因素中,单位科技经费的专利申请产出对四川省专利申请总量的贡献程度最大。最后根据研究结论提出相关政策建议。