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近年来，随着规模化畜禽养殖业的快速发展，畜禽排泄物和其他废弃物的产生量随之快速增加，造成环境污染，使畜禽养殖业发展与环境污染的矛盾日益凸现，其本身也成为畜禽养殖业可持续发展的制约因素。畜禽养殖污染已成为当前继工业污染、生活垃圾污染后的第三大污染源。畜禽养殖污染源来自于从畜禽体内排出的有害气体、粪便及其分解产生的臭气、动物体表掉落的毛屑以及养殖场站的冲洗废水。畜禽养殖污染治理难度大，方法较多，其中环境生物学方法是净化畜禽养殖废水的核心技术。本文探讨了好氧微生物技术处理畜禽养殖废水的规律。本文针对好氧微生物处理，主要研究在短程硝化反硝条件下的脱氮除磷效果，探讨了间歇好氧系统中pH、氨氮负荷和碳氮比（C／N）、溶解氧（DO）几种运行参数对形成HNO2积累以及磷的去除效果的影响，在SBR系统中实现短程硝化的途径，以及如何通过改变间歇式好氧系统的运行参数和模式来实现稳定亚硝酸的积累，并且在稳定的短程模式下怎样达到最优除磷效果：研究结果表明：（1）pH值大于9时，影响亚硝酸细菌的活性，使亚硝酸盐积累减小。pH值通过影响分子态游离氨（FA）浓度来影响亚硝酸盐的积累过程，pH值为8.5时达到最好的脱氮效果，亚硝酸积累量大，而此时磷去除效果相对也较好，主要是好氧反硝化菌在对除磷起作用。控制运行过程中的曝气量、pH值一定时，氨氮负荷较高有利于亚硝酸的积累，并且也有较好的脱氮效果，但如果过高却会抑制亚硝酸细菌的活性，而硝酸细菌的活性有所提高。保持进水稳定的氨氮负荷、DO和pH值，进水的COD值变化对亚硝酸积累也有影响，当C／N=7时亚硝酸积累量大，脱氮率、除磷率和COD去除率均高。（2）SBR系统中，保持F／M、C／N、pH、MLSS和温度恒定的情况下，DO浓度与三氮浓度有良好的相关性，当DO为3.0mg／L时，亚硝基氮的积累率达到了85％，出水氨氮为0mg／L，达到了良好的短程硝化反硝化目的。保持DO值为2.0mg／L-7.0mg／L下，SBR系统运行良好，除7.0mg／L外，其他浓度下，总氮去除率都达到了99％以上，COD去除率保持在95％左右，出水水质很好。磷的去除率随DO值的增高总体下降并呈反常波动，DO值为0.5-1.0mg／L时，在短程硝化反硝化系统中总磷的去除率能够达到90％。