改革开放以来，新疆经济发展迅速，新疆的农业发展取得了长足的进步。然而不可否认，随着新疆农村经济的不断发展，农村经济中出现的问题也越来越明显，突出的表现在农村资金短缺严重、农村金融服务缺失、南北疆农村经济发展不平衡等方面。新疆农村资金想要在现有的总量上发挥最大的作用，最重要的是提高农村资金使用效率。目前，新疆农村资金的运用已经形成了主体多元化、资金来源多元化、投资方式多元化的格局，如何管理好现有的农村资金，解决好农村资金缺口问题，进一步提高农村资金运用效率是新疆农村经济快速发展的关键步骤。本文分析新疆农村资金的来源和运用状况，运用静态和动态DEA模型对新疆八个地州的农村资金运用效率进行计量分析，研究各地州的农村资金运用效率，分析影响新疆农村资金运用效率的因素，最终分析的到结论：（1）新疆地区的农村资金运用的效率是比较低的，各地区的差异明显；（2）非生产有效的样本地区的农村地区的资金，在现有的农村经济、技术、管理等条件下是过剩的。但是并不能说明这些地区的农村资金充裕，随着农村经济技术的不断发展，这些资金将被吸收；（3）新疆农村资金运用效率没有明显的南北疆划分，但从南北疆的平均值来看，北疆地区的表现整体要好些；（4）新疆各地州农村资金运用的技术效率不高是影响地区农村资金运用效率的最主要的原因。在以上研究的基础上，本文认为农村经济发展水平，农村金融发展水平、农村人力资源水平以及新疆的城乡二元化结构是影响新疆农村资金运用效率的因素。因此，提高新疆农村资金运用效率的对策是：（1）优化农村资金使用效率，提高农业产业效率。扩大农村资金来源，合理分配农村资金；调整农村产业结构，提高农村经济发展水平；加快农业现代化建设，提高农业产业效率。（2）健全各区域农村金融机构体系，完善农村金融市场。鼓励金融机构主动进驻农村，提高农村金融机构覆盖率；完善金融服务主体功能，提高农村金融主体的效率；开放农村金融市场，优化农村金融环境。（3）推进农村地区教育改革，提高农村劳动力水平。加强农民职业技能培训，提高农业生产技能；加大对农村地区的教育投入，推进农村地区的教育改革。