大鼠腮腺组织放射后差异表达基因谱的构建及生物信息学分析

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目的:利用全基因芯片对放射后腮腺组织表达谱的差异进行分析,利用相关生物信息学筛选重要的基因、通路。方法:选用SD大鼠12只,随机分为空白组和放射组,每组各6只,一次性给予放射组60Co-γ射线15Gy的局部照射,空白组大鼠只腹腔注射10%水合氯醛。照射后2h,无菌条件下迅速取出大鼠腮腺,投入液氮冷却。将提取的腮腺组织的总RNA进行Cye Dye Labeling荧光标定及Phalanx OneArrayTM杂交反应,利用含有20717个基因的ROAv2 Rat OoeArray(?)全基因表达谱芯片进行差异基因的筛选,将|log2 (Ratio)|≥1作为筛选阈值。对筛选出的差异基因进行GO功能分类和Pathway通路分析。结果:经过软件对差异表达基因进行聚类,分析得出913个差异表达基因,其中上调基因455个,推断基因87个,;下调基因458个,推断基因110个。通过GO功能分析,将差异基因的功能概括为13类,包括代谢、细胞死亡、转录、应激等相关基因。对913个基因的Pathway通路分析显示,有显著改变的通路共有13条,包括75个差异表达基因,其中7个基因涉及所有改变通路:Akt1、Pik3r1、Pik3cg、Nfkbia、Kras、Mapk13、Casp8。结论:60Co-γ射线可使正常的大鼠腮腺组织中的基因表达水平发生明显改变。改变的基因主要有:Akt1、Pik3r1、Pik3cg、Nfkbia、Kras、Mapk13、 Casp8,这7个基因在13条通路上富集且与肿瘤的发生发展及转移相关,这些基因可能参与放射后腮腺组织发生癌变的过程。
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