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为选育高产优质大豆新品种,分析大豆亲本材料的遗传多样性,发掘农艺性状关联位点的优异等位变异,为大豆杂交组合的配置及分子标记辅助育种提供依据,本实验以90份种质资源组成的自然群体为材料,采用相关分析、主成分分析和聚类分析方法,对其19个农艺性状(脂肪含量、50粒重、脂肪含量、单株粒重、总荚数、虫蚀数、瘪粒数、4粒荚数、3粒荚数、2粒荚数、1粒荚数、主茎荚数、分枝荚数、有效分枝、主茎节数、结荚高度、茎粗、株重和株高)进行了分析,并探讨农艺性状之间的相互关系。同时,利用59个SSR标记对90份材料进行多态性扫描和遗传多样性分析。从中筛选出46个标记,应用STRUCTURE2.3.2软件进行群体结构遗传分析,并在此基础上利用Tassel2.1软件的MLM (mixed linear model)模型进行18个育种性状与标记的关联分析,发掘优异等位变异。结果表明：1.对材料的农艺性状进行了相关性分析,总结出性状之间的相互关系；通过主成分分析将17个农艺性状降维到5个主成分；通过聚类分析,将材料分为三大类群。2.59个标记中有50个标记具有多态性,共检测出154个等位变异；多态性信息值PIC分布范围为0.042—0.765,平均PIC=0.421; SSR标记位点的Shannon指数(H’)的分布范围为0.1066—1.6804,平均值为0.8241；遗传距离的变异范围为0.0307—1.4529,平均值为0.7015。3.群体结构遗传分析可将供试材料群体分为4个亚群。以MLM分析发现7个与分枝数、百粒重、叶形、主茎节数、生育期和蛋白含量相关联的标记,各标记对表型变异的解释率在0.003-0.339之间。在各关联位点找到了Satt263-A279、Satt156-A203、 Satt567-A112等表型效应明显的优异等位变异。