在内蒙古高原天然湖泊-辉腾锡勒草原九十九泉湿地,研究湖泊十涸过程中氨氧化微生物的群落结构及其变化。通过MPN-PCR定量测定氨氧化古菌(Ammonia-oxidizing archaea AOA)和氨氧化细菌(Ammonia-oxidizing bacteriaAOB)的数量；构建amoA基因克隆文库,并进行系统发育分析；结合土壤环境因子,探讨湿地退化过程中影响氨氧化微生物群落结构的潜在因素。从湖心区至湖岸草原带形成了湖泊湿地退水梯度,结果显示除湖底外,其他区域AOB数量均高于AOA。AOB与AOA的数量比率为0.3—18.1。从湖心到湖岸草原带,AOA和AOB的数量有明显增加,但氨氧化菌生物多样性呈降低趋势。研究发现,AOB的数量与土壤中NH4+-N的变化存在良好响应关系。系统发育分析显示,退化湖泊湿地中土壤AOA克隆序列均属于泉古菌门(Crenarchaeota);而湖底和湖岸草原两种生境中的氨氧化细菌类群存在差异,具体表现为湖底AOB的amoA基因的克隆序列大部分与亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas)有一定同源性,湖岸草原AOB的amoA基因的克隆序列绝大多数与亚硝化螺菌属(Nitrosospira)同源。湖泊退水过程增加了湿地土壤氨氧化微生物的数量,而氨氧化微生物的多样性有所降低。AOA和AOB群落对湖泊干涸过程做出了响应,其中AOB的响应较为明显,氧化条件和土壤NH4+-N浓度的改变可能是促成这种响应的重要原因。