医药制造业是涉及国民健康、社会稳定和经济发展的重要产业，也是世界上发展最快、竞争最为激烈的产业之一。随着经济开放化进程的加快，如何有效提升医药制造业企业创新能力，提高企业绩效，保持企业持续发展，这无疑是当今企业急需关注和解决的重要问题。研究医药制造业企业创新能力与绩效的关系，不仅对企业发展具有指导意义，而且对政府制定相关政策具有参考作用。本文采用理论与实证相结合的分析方法，首先根据国内外关于企业创新能力与绩效的相关文献及理论知识，界定了企业创新能力内涵及医药制造业企业创新能力的构成要素，阐述了医药制造业企业创新能力构成要素即市场营销创新能力、管理创新能力、技术创新能力、制度创新能力这四要素的内在关系及各要素对企业绩效的作用机理；其次，基于医药制造业发展状况及行业特征，选取上交所36家医药制造业样本企业，构建了医药制造业上市公司创新能力评价指标体系。并采用因子分析法分析得到医药制造业上市公司创新能力整体水平不高，企业之间创新能力差距较大，应加强创新能力的培育这一结论；再次，运用主营业务利润率来衡量企业绩效，提出假设并建立回归模型，得出医药制造业上市公司创新能力与企业绩效呈正相关，企业创新能力四大要素对企业绩效产生正面的影响。同时反映医药制造业上市公司创新能力的10大指标中四大指标（技术人员投入率、全员劳动生产率、国有股占比、销售人员投入率）与企业绩效关系为负，表明医药制造业上市公司更应注重这四个方面的投入；最后，依据理论及实证研究，对提升医药制造业企业创新能力提出了针对性的建议。