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水产养殖业经常受到各种污染的影响和困扰。改善整个养殖生态环境，优化养殖模式，促进水产养殖业的稳定健康发展，已成为世界各国水产养殖业目前所共同关注的焦点问题。其中，利用有益菌控制有害微生物的增长以净化水体的方法受到了广泛的重视，本文采用实验生态学的方法，分离选育对水体有净化作用的功能菌，研究了功能菌的生长、降解特性、培养条件优化及防治水产动物常用药物对功能菌的影响。结果如下：
采用微生物学方法从养殖水体中分离出四株对水体有净化作用的有益菌。经典方法鉴定，分别为硝化细菌、酵母菌、光合细菌和乳酸菌。可控实验条件下测定了四种功能菌在养殖水体净化中的作用，结果表明，与水比例为1：30的硝化细菌、酵母菌和光合细菌，1：10的乳酸菌对养殖水体中COD、DO、NH和pH有最佳的调节效果，可以达到净化养殖水体的目的。
采用正交优化实验对硝化细菌的培养条件进行了优化。结果表明PH为7.3，温度为30℃时，硝化细菌保持最佳生理特性，其对水体的净化作用效果最为明显。
运用生态毒理学的方法研究了防治水产动物疾病常用药物－ClO2、KMnO4L、甲醛、硫酸铜与硫酸亚铁(5：2)混合液对硝化细菌生长的影响。结果表明：实验浓度范围内，0.1mg/L 的ClO、0.6mg/L的KMnO4、20mg/L的甲醛、0.7mg/L的硫酸铜与硫酸亚铁(5：2)混合液对硝化细菌影响较小，同时对水体中的病原微生物有较好的防治效果。