现代民航业的发展日新月异,作为速度快捷、服务上乘的出行方式,民航逐渐成为公众出行的“宠儿”,正所谓危险与机遇并存,更多发展机会代表着更高的应急管理要求,若民航部门不能有效应对大面积航班延误等公共危机事件,不仅会造成不良的社会影响,更会阻碍民航业的发展。在民航公共危机管理中,一个很关键的因素——跨部门之间的合作越来越凸显其作用。本文以大面积航班延误为例,研究民航突发公共危机跨部门合作存在的问题并探索解决途径。本文以我国民航高速发展和越来越多的公共危机事件相矛盾为背景,通过公共危机管理及跨部门合作理论,描绘国内及民航公共危机管理现状,以昆明长水机场“1.3”等事件为例,分析跨部门合作中存在的问题,引入AHP分析法为确定解决矛盾的方案权重提供依据,最后以跨部门合作的角度提出完善大面积航班延误公共危机的具体措施。