1234年蒙古汗国推翻金王朝后，女真族由统治民族转而变为被统治民族，进入了其发展进程中的衰落期。蒙元王朝时期，存留下的女真人主体部分分散于东北的北部、东部以及南部地区，隶属于元代辽阳行省管辖。元代辽阳行省北部的女真人主要活动地域在今松花江下游以北、乌苏里江东西两岸，直至整个黑龙江下游地区，即元朝水达达路辖地。元朝在女真水达达人聚居地，建立了具有民族统辖特征的行政建置，初置女直水达达等处宣抚司、女直水达达万户府，后发展为独立建置的女真水达达路，其下统辖的是万户府、千户所和百户所，即形成路、府、所三级行政建置。此外，元朝在该地还设有军事统辖机构征东招讨司，并在女真水达达地区进行签军活动，被签发的女真人或组成镇守军，或成为元朝东征日本军队的组成部分。辽阳行省北部的女真人始终保持着相对独立聚居的状态，仍使用女真语言和文字，该地区的经济类型以渔猎业为主，辅之以农业和畜牧业，女真人保持着口嚼酒、能歌善舞等本民族浓郁的风俗文化。元代辽阳行省东部地区的女真人主要分布在长白山西麓北至松花江上游和中游，以及牡丹、绥芬流域与朝鲜半岛东北部远及今朝鲜江原道的中部铁岭一线的区域内。开元路所辖女真人多为东夏遗民，元廷在这一地区设置了两个屯田万户府，即浦峪路屯田万户府和肇州屯田万户府，女真人参与屯种。辽阳行省东部地区所辖女真人经由辽金时期的迁入、发展与变迁，至元代他们在此已生活了几百年。元朝在开元路下设有海阳万户府、合兰万户府和双城总管府，基层社会组织沿用了金代女真人原有猛安谋克制度，其上设置百户所、千户所，分别由两个万户府和一个总管府统辖，并设立婆娑府屯田所。元朝在辽阳行省的东部地区也设有站赤，东面通往朝鲜半岛高丽国，这使中央政令得以在边疆地区通达，以实现元朝政府对边地官府进行有效而密切的统辖，以此来应对女真地区出现的军情、灾情及突发事件。辽阳行省东部女真人的社会经济类型以农业为主，游牧、渔猎业为辅，女真人需向元朝政府缴纳赋税和服兵役，辽阳行省东部女真地区的农业生产水平随着屯田的广泛推广，促进了农业的生产，也带动了纺织、冶铁、采金等手工业的发展。东部女真人长期与汉族、渤海等民族杂居相处相互融合，到元末已经融入汉人之中。分布于朝鲜半岛的女真人则长期聚居，保持了浓郁的本民族文化风俗，大部分女真人户成为明代女真人的重要组成部分。元代辽阳行省的南部女真人主要分布在辽河东西与辽阳行省西南部地区，即沈阳路、辽阳路、开元路咸平府，以及大宁路和广宁府路地区。元朝政府将沈阳路地区的女真人纳入具有军政合一色彩的行政统辖建置，即世祖至元二十九年（1292）设立的总管高丽女直汉军万户府，初由高丽人担任高丽女直汉军万户府总管，后改由蒙古贵族担任，但女真千户所的基层官员由女真人担任。这一地区女真人以农业生产为主，向元朝交纳赋税，承担徭役、兵役。如元朝中央为了加强对东宫太子的宿卫工作，设立了管女真侍卫亲军万户府与女真侍卫亲军万户府，主要由辽阳行省南部女真人承担两个由女真人组成的侍卫亲军万户府的兵役。元代辽阳行省南部是文化设施较为完善的地区，设立学校和掌管儒学教育的官员。生活在这一地区的女真人久受汉文化的熏陶与影响，接受儒学教育，女真民族固有的特色已经趋于消失，这部分女真人最终融入汉族。元代将辽阳行省女真人的活动区域切实的纳入元朝的管辖体系，在行省之下根据女真社会发展状况的不同，采取随俗而治的方针，设置相应的行政建置，加强中央与东北女真人之间的政治联系与行政管辖关系，促进了女真人与中原之间的经济往来与一体化进程，保证了元朝中央集权在边疆少数民族地区的贯彻执行，这对加速多元一体的中华民族共同体形成的历史进程，维护和巩固国家的统一，具有重大的作用。