集群创新是区域经济保持竞争优势和升级的战略选择，也是区域创新能力整合的后发优势。然而，集群创新是一个复杂、集成的创新网络系统，要使创新网络系统可视化，必须把集群创新网络系统的子系统进一步的优化。由于集群区域的社会协同要素是多元化的交互作用下发生协同影响的，因此，我们需要把集群创新的创新能力和创新影响因素的子网络系统做进一步的细化。面对广东省中小产业集群创新升级的局面，本文研究首先通过文献回顾的方法阐述了国内外研究产业集群创新能力及影响因素的进展情况，还展开了产业集群、产业集群创新能力、产业集群创新影响因素、内生型产业集群及集群创新的相关概念研究，还有就是对内生型产业集群的基本特征做了系统化梳理。文章主要是针对广东省专业镇创新效率进行评价，通过查阅广东统计年鉴2012、广东科技年鉴、中国火炬统计年鉴及广东省科学技术厅得到广东省专业镇的客观有效数据来进行实证分析，还对广东省多个专业镇发放了关于广东省专业镇创新能力及创新影响因素的调查问卷，并对收集来的主观数据进行了实证分析。文章选用DEA分析软件DEAP2.1进行客观数据处理，得出广东省20个地级市2009年专业镇科技创新投入产出效率情况，计算出综合效率值、纯技术效率值和规模效率值，得出了为广东省20个地市科技创新投入产出效率评价得分。通过实证研究综合分析发现，规模效率不优造成了广东省专业镇科技创新综合效率不高，广东省专业镇科技创新综合效率不高的主要原因是规模效率不优，可能是由于科技资源投入浪费，或者资源利用率不高等内部影响因素导致了经营成本有逐渐变高的趋势，因而产出没有达到最优的状态。文章选用spss19.0统计软件对产业集群创新能力及影响因素的调查问卷数据做了实证分析，数据分析包括描述性分析、信度分析、主成分分析、Pearson相关分析、多元回归分析，最后得出了产业集群创新能力与创新影响因素的回归方程组。说明组织型因素、外部综合型与知识资本型因素、集群企业软因素与被解释变量集群创新综合能力集的线性关系是积极显著的，外部综合型与知识资本型因素、集群企业软因素与被解释变量集群创新管理能力集的关系是积极显著的。