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目的对2014-2015年云南省分离的炭疽芽胞杆菌进行分子分型及溯源分析,以了解其遗传特征及基因型别,为炭疽防控提供科学依据。方法以2014年弥渡县分离的1株炭疽菌株(命名为YN1)及2015年东川区分离的2株炭疽菌株(分别命名为YN2及YN3)为试验菌株,提取炭疽菌基因组DNA,采用标准单核苷酸多态性分析(canSNP)和多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA15分析,位点依次为VrrA,VrrB1,VrrB2,VrrC1,VrrC2,CG3,PXO1-aat,PXO2-at,VNTR12,VNTR16,VNTR17,VNTR19,VNTR23,VNTR32及VNTR35两种分子分型方法进行分析,并以中国炭疽菌株分子分型库为参照进行分型及聚类分析;同时通过二代测序方法测定这3株炭疽菌株的全基因组序列,并进行初步分析。结果1.canSNP结果:YN1菌株基因组在A.Br.001,A.Br.002,A.Br.003,A.Br.004,A.Br.006,A.Br.007,A.Br.008,A.Br.009,B.Br.001,B.Br.002,B.Br.003,B.Br.004,A/B.Br.001(13个SNP)位点的核苷酸特征为T,A,G,C,A,T,T,A,T,G,G,T;YN1菌株属于A.Br.001/002组;YN2和YN3炭疽菌株基因组在A.Br.001,A.Br.002,A.Br.003,A.Br.004,A.Br.006,A.Br.007,A.Br.008,A.Br.009,B.Br.001,B.Br.002,B.Br.003,B.Br.004,A/B.Br.001(13个SNP)位点的核苷酸特征为T,A,G,C,A,T,T,A,T,G,G,T,A;YN2和YN3炭疽菌株属于A.Br.001/002组。2.MLVA15结果:针对15个VNTR位点,YN1扩增产物片段大小依次为314bp,229bp,162bp,580bp,532bp,158bp,135bp,141bp,115bp,273bp,378bp,96bp,197bp,577bp,115bp;YN2和YN3依次皆为314bp,229bp,162bp,580bp,532bp,158bp,132bp,141bp,115bp,273bp,386bp,96bp,197bp,577bp,115bp。YN1炭疽菌株单独形成一个分支,为新的基因型,命名为MLVA15-CHN51基因型,YN2、YN3炭疽菌株为MLVA15-6基因型。3.全基因组测序:YN1炭疽菌基因组的大小为5.74Mb,含有5948个基因,基因平均长度为778nt,G+C含量为35.1%,包含90个转运核糖核酸、11个5SrRNA基因、1个23SrRNA,有324个串联重复序列,7个前噬菌体基因,21个基因岛;YN2炭疽菌基因组的大小为5.58Mb,含有6,202个基因,基因平均长度为778nt,G+C含量为35.1(%),包含92个转运核糖核酸、11个5SrRNA基因、1个23SrRNA,有352个串联重复序列,8个前噬菌体基因,19个基因岛;YN3炭疽菌基因组的大小为5.2Mb,含有5931个基因,基因平均长度为776nt,G+C含量为35.1(%),包含90个转运核糖核酸、11个5SrRNA基因、1个16SrRNA、1个23SrRNA,有325个串联重复序列,9个前噬菌体基因,21个基因岛。结论本研究发现YN1菌株为一个新的基因型,命名为MLVA15-CHN51。YN2和YN3炭疽菌株canSNP基因型相同,聚类分析显示聚在同一分支,MLVA15基因型相同,结合2015年炭疽暴发的流行病学调查,我们可以推断本次暴发流行的病人感染了同一传染源。3株菌株在基因组水平上都存在一定差异,值得进一步探讨。
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