南方鲶(Silurus meridionalis Chen)，属于鲶形目(Siluriformes)，鲶科(Siluridae)，鲶属(Silurus)，是一种广泛分布于我国长江流域的重要经济鱼类，具有生长迅速，肉质鲜美等特点，受到人们普遍青睐，其人工养殖产业也迅猛发展。当前对南方鲶的研究多集中于生物学特性、营养学、能量学、繁殖生物学等方面，对其种质资源的遗传结构和多样性状况的研究相当薄弱。近年来，长江主要干支流已经或正在兴建的各种大型水电枢纽工程(葛洲坝，三峡大坝工程等)造成的南方鲶生活环境改变、产卵场破坏和生殖隔离(坝上的南方鲶无法通过生殖与坝下的南方鲶进行基因交流)等是否会对该物种的种群遗传结构和多样性产生影响倍受关注；同时，三峡大坝兴建之初该鱼的种群遗传结构和多样性将是今后进一步追踪监测三峡水库内南方鲶种群遗传结构和多样性改变的本底资料。因此，从DNA分子水平对南方鲶种群遗传结构及基因多样性状况进行研究极为必要。此外，了解野生状态和人工养殖条件下南方鲶种群各自的遗传结构及遗传多样性对于该鱼的遗传多样性保护和遗传育种亦十分重要。本文采用RAPD分子标记方法对三峡水库内外合川、木洞、涪陵、彭水、巫山、宜昌、岳阳七个野生地理群体和一个人工养殖群体南方鲶的遗传多样性、种群遗传结构进行了研究。结果表明：野生群体间遗传分化指数Gst＜0.5，说明南方鲶野生群体的遗传分化主要存在于群体内；七个地理群体显示出了较大的遗传相似性，这是由于基因流而造成的；通过计算库区内外七个采样点群体中任何两群体之间的遗传多样性，发现任何组合的遗传多样性指标都较高，且群体间无论是在多态位点比例还是在基因多样性指数上都高于群体内水平，说明三峡水库内外南方鲶野生群体间种质资源状况良好，遗传多样性水平较高。UPGMA法构建的系统树显示，野生群体和人工群体明显聚为两大类群；野生群体内部以葛洲坝为界，坝上5个取样点的野生群体聚为一支，坝下宜昌和岳阳两个野生群体聚为另一支，这说明葛洲坝建成20多年已明显影响了长江中坝上坝下南方鲶的基因交流，提示尽管正在兴建中的三峡大坝对南方鲶的遗传多样性影响目前还未表现出来，但随着时间的推移，这种影响会逐步显现出来。在7个野生群体中，