2012年7月,国务院审议通过并正式发布了《战略性新兴产业“十二五”规划》,明确提出战略性新兴产业是引领中国未来经济社会发展的重要力量,相关产业国民生产总值占比将从2015年的8%上升到2020年的15%,可见当前战略性新兴产业在中国经济发展中的重要性。上海市作为中国经济金融中心,在推动新一轮经济转型发展过程中的地位举足轻重,把握战略性新兴产业发展的机遇,实现上海“创新驱动、转型发展”的发展路线。通过对上海战略性新兴产业的创新发展现状研究,发现上海战略性新兴产业创新发展主要存在着以下几个方面的问题:一、关键核心技术缺乏,主要体现在以企业为主体的创新体系创新能力不足;二、政府在创新体系中的定位不够明确,扶持力度和保障机制有待加强;三、高校和科研院所科研成果产业化过程存在困难;四、创新活动中其他相关利益主体参与度不够。党的十八大明确提出当前阶段要尤为重视协同创新在推动经济发展过程中的巨大推动作用。因此本文在战略性新兴产业中引进协同创新模式进行研究。通过定量模型因子分析和DEA方法对上海战略性新兴产业创新水平和创新效率进行测定,单一的创新水平和创新效率均不能很好地体现战略性新兴产业的创新能力,通过复合系统协调度模型将创新水平和创新效率进行结合,进而测算出上海战略性新兴产业协同创新能力指数,发现在全国21个省市中上海协同创新能力排名15,处于中下水平。在对现有创新模式演绎的基础上,阐述上海战略性新兴产业构建协同创新模式的必要性。通过构建上海战略性新兴产业协同创新模式,为了促使协同创新模式发挥真正的协同作用,从战略、文化、组织、制度、技术和市场六个维度构建了协同创新模式分析模型,并从六个维度进行了深入研究。同时对协同创新的运行机制进行研究,以保障协同创新的良好运行,本文主要从激励机制、资源共享机制、绩效评价机制、风险分担机制和利益分配机制五个方面展开深入研究。最后依据协同创新模式中创新主体的不同,从政府层面、企业层面和其他相关利益主体层面提出提升上海战略性新兴产业协同创新能力的对策建议。