流域生态补偿主体的界定是进行流域生态补偿的基础,但目前理论界尚未能提供一个准确的界定标准,一定程度上阻碍了流域生态补偿实践的深入开展。补偿主体的界定解决的是“谁补偿谁”的问题,其与解决“谁为什么补偿谁”问题的生态补偿理论依据具有密切关联,后者应当包含着前者。一切补偿都产生于某种利益失衡,流域生态补偿亦不例外。流域生态补偿的理论依据应当来源于流域生态环境义务的普遍性及其该义务直接履行的差异。义务的普遍性要求每个主体负有同等义务,而该义务直接履行的差异就是具体在环境义务履行上的失衡,这便是具体主体能借此有权接受补偿或有义务支付补偿的依据和标准。流域生态补偿环境义务直接履行的具体量化应借助于环境经济核算体系,通过环境经济体系核算得出的具体主体行为活动的环境成本消耗值扣除其保护环境所支出的费用之后的差额作为确定其环境义务的具体直接履行。若差额为正,即环境成本大于保护环境支出的费用,意味着该主体总体上未履行环境义务,其应当补偿差额为负的主体。但是,考虑到历史上各区域主体消耗环境成本情况,在区域主体都处于差额为正时,也应当由差额较大区域补偿差额较小区域,以实现流域生态补偿现实与历史的公平。至于各主体前述差额正负值相互抵消至何种水平才能够实现流域生态环境的可持续发展,这需要国家根据环境承载力要求制定强制性的流域生态环境标准,并予以实施。