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辽宁爪鲵（Onychodactylus zhaoermii）与吉林爪鲵（O.zhangyapingi）为两栖纲（Amphibia）,有尾目（Caudata）,小鲵科（Hynobiidae）,爪鲵属（Onychodactylus）的物种。分布于东北亚即中国东北、俄罗斯远东、朝鲜半岛和日本。由于爪鲵对栖息地的环境条件要求苛刻,加上人类活动对环境的破坏,使得爪鲵种群数量急剧下降,为探讨爪鲵资源的保护与管理的合理方案。本研究采用线粒体细胞色素b基因序列分析和微卫星标记技术,对辽宁爪鲵和吉林爪鲵（共73个样本,其中辽宁爪鲵30个样本,吉林爪鲵43个样本）开展种群遗传多样性和群体遗传学的研究。通过分子数据分析得到如下结果:（1）吉林爪鲵线粒体Cytb基因序列（1149bp）较辽宁爪鲵（1146bp）在1098-1100位点处存在“GTT”3个碱基插入;（2）两种爪鲵的Cytb基因碱基组成近似,A+T含量明显高于G+C;（3）辽宁爪鲵的Cytb基因单倍型数量和多样度高于吉林爪鲵,但其多态位点数量、核苷酸多样性和平均核苷酸差异数均低于吉林爪鲵;（4）基于Cytb基因,辽宁爪鲵和吉林爪鲵的种群内以及种群间的遗传距离都很小,吉林爪鲵种群内遗传距离略高于辽宁爪鲵;（5）两种爪鲵种群分化程度都很低,但辽宁爪鲵(FST=0.035)种群大于吉林爪鲵(FST=0.000);（6）基于Cytb序列的系统发育分析,辽宁爪鲵与吉林爪鲵分属2个不同的进化枝;（7）6个SSR位点中共检测到40个等位基因,其中有9个等位基因属稀有等位基因;（8）SSR位点分析显示两种爪鲵有较高的遗传多样性,平均等位基因数、多态信息含量和平均期望杂合度均较高;（9）基于SSR的分化指数,辽宁爪鲵种群(FST=0.226)大于吉林爪鲵(FST=0.074);（10）SSR位点Structure分析,K=2为最佳分组方案,与辽宁爪鲵和吉林爪鲵作为2个物种的分类地位一致。线粒体Cytb基因和SSR标记显示了不同的遗传多样性结果,Cytb分析两种爪鲵种群遗传变异水平很低,而SSR标记则显示遗传变异程度较高。两种标记都给出了吉林爪鲵的遗传多样性高于辽宁爪鲵。SSR标记显示了较Cytb基因更高的种群遗传分化,辽宁爪鲵种群遗传分化程度大于吉林爪鲵。有效种群大小和瓶颈效应分析显示两种爪鲵在后续世代种群遗传多样性维持上具有一定潜力,且近期没有经历严重的瓶颈作用。辽宁爪鲵和吉林爪鲵种群均呈现多系的谱系结构,建议将两个物种分别作为一个管理单元加以保护。