介形类（Ostracods）在传统分类中归属于甲壳动物亚门:介形纲（Crustacea:Ostracoda）,广泛分布在从深海到季节性水塘的各种水体之中,是现生节肢动物中最为古老的类群之一,具有最为丰富的化石记录和大量被称作活化石的现生物种;近年来的研究表明,介形类可能归属于寡节超纲（Oligostraca）,而后者是其他所有泛甲壳动物的姐妹群,在节肢动物或泛甲壳动物的系统发育和进化研究中具有重要的地位。而介形类作为寡节超纲中多样性最为丰富的类群,其单系性以及与其他寡节超纲类群的系统发育关系以及介形类内部分类阶元间的系统发育关系仍然是充满争议的。本研究新测序了来自介形类尾肢亚纲和壮肢亚纲共36种介形类的转录组数据,并结合所有已发表的介形类及其他寡节超纲类群的转录组、r DNA和形态数据,构建了目前为止最全面的介形类系统发育分析数据集;此外本研究结合介形类线粒体全基因组及化石数据,从不同的角度开展介形类的系统发育研究。本研究的主要研究结果和结论如下:1.包含有介形类的寡节超纲分支是其他所有泛甲壳动物的姐妹群重建了聚焦在介形类及其近亲类群的泛甲壳动物系统发育关系,结果支持介形类Ostracoda,须虾纲Mystacocarida,鳃尾纲Branchiura和五口纲Pentastomida共同组成寡节超纲Oligostraca,是其他所有泛甲壳动物的姐妹群。支持整个泛甲壳动物分为三支,即寡节超纲,多甲（超纲）Multicrustacea（包括软甲纲、鞘甲纲和桡足纲）和奇虾（超纲）Allotriocarida（包括头虾纲、鳃足纲、浆足纲和六足动物）。2.介形类不是一个单系群,其与须虾纲组成了单系群,而须虾纲可能在进化中失去了双壳在上述研究基础上,本研究对介形类所在的寡节超纲单独分析,结果显示介形类不是单系群。表现为介形类的两个亚纲（即壮肢亚纲和尾肢亚纲）并未组成一个单独的分支,须虾纲在多个不同的分析中均和尾肢亚纲介形类聚为一支,且支持率较高,同时也受到它们共有形态特征及个体发育的支持。本研究首次发现须虾纲和介形类尾肢亚纲的关系较近,并认为须虾纲可能源自具有双壳的祖先,然后在进化中失去了这一形态特征。3.获得了对介形类内部分类阶元间系统发育关系的新认识在尾肢亚纲内,达尔文介没有和其他尾肢目（Podocopida）介形类聚在一起,而是支持达尔文介（Darwinulocopina）和小花介（Cytherelloidea）的姐妹群关系,建议将达尔文介亚目移出尾肢目并提升至达尔文介目（Darwinulocopida）的水平。在尾肢目内支持巴氏介（Bairdiocopina）和浪花介（Cytherocopina）的关系比与金星介（Cpridocopina）的更近。此外还支持分类学上的玻璃介科（Candonidae）不是单系群,其下的三个亚科分别是单系群,建议提升这三个亚科即玻璃介亚科（Candoninae）,圆星介亚科（Cyclocypridinae）和似金星介亚科（Paracypridinae）至科水平。在壮肢亚纲内,支持吸海萤目（Halocyprida）和壮肢目（Myodocopida）的姐妹群关系;在壮肢目内,支持海萤超科（Cypridinoidea）和圆壳海萤超科（Cylindroleberidoidea）的姐妹群关系,支持喜萤科（Philomedidae）是多系群。4.基于分子系统发育和化石记录重建了介形类从海洋入侵非海水环境的历史所有的壮肢亚纲介形类都生活在海洋中,且从未进入非海水生境;本研究发现尾肢亚纲介形类在进化历程中至少9次独立从海洋入侵进入淡水生境,分别发生在（达尔文介+小花介）分支1次、金星介分支1次以及浪花介分支7次。金星介在进化历程中至少发生了两次从淡水环境返回海洋的进化事件。5.介形类线粒体基因组的序列信息以及结构特点均不支持介形类是单系群线粒体基因组序列因其进化迅速的特点,不适用于高阶（亚门、纲等之间）的系统发育关系重建,但是能够提供寡节超纲内类群的单系性信息;介形类与其他寡节超纲类群线粒体基因组的对比分析显示,线粒体基因组的蛋白编码基因排序以及基于线粒体基因组序列的系统发育分析均不支持介形类的单系性;壮肢介和鳃尾纲线粒体基因组的双控制区结构不是同源的,而是趋同进化;线粒体基因组蛋白编码基因的排序特征,在节肢动物内既具有跨类群的高度保守性,也有在科或者以下水平发生快速变化的随机性。