军队院校科研是军队科研的重要组成部分，海军技术院校担负着海军人才培养以及装备科研的重要任务，海军院校科研的宗旨就是始终坚持为人才培养服务、为军队建设服务、为国家的科技进步服务。自1999年院校体制改革组建院校科研部以来，院校科研随着科研课题数量的增加，经费和人员投入力度的加大，科研的规模和效益明显提高，同时科研管理成了制约科研发展的重要因素。军队院校体制编制调整后迫切需要系统地研究和改进整个海军技术院校的科研体系及其运作，本文主要研究海军技术院校科研体系及其管理评估问题。 论文介绍了研究背景、研究方法和意义；阐述了科研体系、结构、评价指标体系的有关概念；研究了科研评价指标体系的结构；设计了原则和评价指标；建立了海军技术院校科研评价指标体系和1990～2002年海军主要两所技术院校科研总体情况统计数据，根据为科研体系要素权系数设计的专家调查表的反馈情况，采用本特征向量法，求出了各级指标的权系数，给出了海军技术院校科研综合实力的整体评估。 论文运用马尔科夫随机过程的方法从体系的费用效能分析，建立科研管理效益评估模型；采用灰色建模理论，通过科研对产出、管理对产出的关联分析，探讨了科研管理对科研体系的作用以及科研管理运行机制，并进行了实证分析。 论文还探讨了海军技术院校中科研对人才培养、对海军科研，以及对国家科技进步的作用，并进行了定量和定性研究。 最后，论文针对科研管理及其运行机制给出了总结和建议。