自1994年,增值税暂行条例实行以来,增值税专用发票正式成为我国税收体系中的重要一员,这张承载着当时税制改革成败重要影响的发票,从诞生之初就伴随着虚开虚抵的违法犯罪行为,与此同时善意的接受虚开的增值税专用发票的案例也逐渐增多。如何认定善意接受虚开的增值税专用发票,国家税务总局出台专门的规范性文件,其中对能否抵扣增值税进项税作了明确规定,但对于纳税人善意接受的虚开增值税专用发票能否作为企业所得税的扣税凭证,则没有相关的规定,这是常常引发税企之间发生争议的焦点。无论是已经做出的司法判决,还是各地税务机关实践结果,对此问题都没有一个统一的处理标准。本文首先详述淮安市友邦商贸有限公司诉淮安市国税局稽查局的行政诉讼案件,通过案件的分析,找出争议双方的焦点问题;其次针对争议的焦点问题,就友邦商贸公司善意接受的虚开增值税专用发票性质的认定,税友邦商贸公司取得的虚开增值税专用发票能否作为企业所得税的税前扣除凭证,合法有效的会计凭证与合理相关的成本允许税前扣除的冲突进行法律分析;最后就加强税收立法和解释,探索建立新的税控模式,税务机关如何化解征纳矛盾等方面提出笔者的建议。