党的十八大、十九大以来,党中央高度重视教育问题,国务院对外发布的《统筹推进世界一流大学和一流学科建设总体方案》明确提出建设世界一流大学和一流学科,《国家中长期教育改革和发展规划纲要》指出要深化教育领域综合改革,深化校院两级管理改革,完善治理体系,建设中国特色现代大学制度。高校二级学院作为大学各项主要职能的承担者和教学科研工作的直接组织者,具有实体性,也兼具学术性和行政性,是高等教育管理体制的一个基本行政层级。因此,从二级学院治理结构研究作为起点和突破口,有利于完善高校治理体系,构建现代大学制度。本论文的研究,旨在习近平新时代中国特色社会主义思想和高等教育理论指导下,按现代大学制度和办学理念,分析二级学院内部治理结构中的状况、存在问题及原因,从而建构科学的二级学院管理体制。这是理顺校院关系的重要基础,也是完善大学治理体系的重要一环。本研究综合运用文献研究法、比较研究法和历史分析法,通过国内外文献梳理、相关概念界定,运用高校法人理论、委托-代理理论、系统论、利益相关者理论以及相关权力类型的分析,结合国内高校二级学院治理的历史沿革以及国外大学学院治理结构的探析和比较来探讨我国高校二级学院内部治理结构的治理理念、组织结构、运行机制上的现实困境。一方面,从理论上探讨,丰富和补充当前国内关于大学二级学院内部治理结构研究的理论成果;另一方面,通过对当前二级学院内部治理结构的现状分析,对我国高校二级学院改革提出针对性的对策建议,通过协调安排各利益相关者的责、权、利的问题,使二级学院的治理结构、体制机制更为科学合理,从而激活学院管理体制,解放学术生产力,调动教师教学科研的积极性和主动性,最终为完善现代大学制度,为一流大学建设提供支撑。根据历史沿革、国外比较研究及现实分析发现:二级学院缺乏自主权,学院主体地位不突出,教授治学难以实现,行政权力与学术权力矛盾与冲突、政治权力与行政权力划分不明确,存在党政不分的现象、民主参与监督力度不够、大学章程建设亟待完善和落实。为了完善现代大学制度,构建高校二级学院内部治理结构,提出以下几点对策建议:首先,建立和完善中国特色社会主义高等教育体系和现代大学制度,这是优化二级学院内部治理结构的前提,主要包括两点:第一,二级学院治理结构要根据我国特定国情来确定。第二,在二级学院树立“服务型”行政观念和尊重学术发展学术的氛围。其次,在组织结构上,合理构建党组织、行政组织、学术组织和师生代表组织“四位一体”的二级学院治理架构,坚持党委领导的党组织在二级学院治理中的政治领导地位,坚持院长领导的行政组织在二级学院治理中的行政主体地位,坚持以教授为代表的学术组织在二级学院治理中的学术主导地位,坚持以教代会、学生会、研究生会为代表的师生代表组织在二级学院治理中的民主参与、民主监督地位。最后,在运行机制方面,建立协调高效的二级学院管理体制与运行机制,主要包括:规范大学章程,明确二级学院各利益相关者的权责利;明确校-院两级治理体制以及各自权限;建立健全二级学院决策机制、执行机制、监督机制、反馈机制;建立保障教授行使学术权力的激励机制;建立学术委员会等学术组织并保障学术决策权力;发挥二级教代会、学生会、研究生会的作用。