在经济快速发展，科技水平不断进步的背景下，公路运输事业也在蓬勃发展。截止到2012年底，我国公路里程已突破423.75万公里，其中高速公路里程为9.6万公里，一级公路里程为6.8119万公里，二级公路总里程为32.0536万公里。但是随着市场型经济模式的转变，经济运行中的公路运输矛盾日益突出。尤其在近几年的发展过程中，公路运输效率低、资源浪费等问题屡见不鲜，逐步成为国家和相关部门关注的焦点。因此，合理的公路运输系统绩效评价是至关重要的。公路运输系统绩效评价是指公路设施与运输设备的投入和公路客货运输功能与产出的效率实现程度的综合度量，对运输系统一定经营时期的效率做出客观、公正和准确的综合评价。对公路运输系统进行绩效评价，有利于及时发现潜在问题的根源，便于及时解决，提出对策。本文在绩效评价相关理论阐述的基础上，基于投入‐产出思想通过属性简约法和专家咨询法构建了绩效评价指标体系，以DEA（数据包络分析）方法及模型为理论基础，应用DEAP2.1软件对吉林省2003-2012年十年的公路运输系统绩效进行了总体评价；同时引入基于DEA-Malmquist生产率指数评价法对2003-2012年吉林省公路运输系统绩效变动进行动态分析。结果表明：从整体上看，这十年里吉林省公路运输系统绩效水平较高，个别年份出现综合技术效率无效的原因主要是其规模效率没有达到最优。从效率变动来看，综合技术效率虽然呈现出一定的波动性，但是比较平稳，而纯技术效率呈现“U”型态势，说明吉林省公路运输管理力度相对较弱。规模效率变动出现缓慢的下降趋势，这表明吉林省在公路交通基础设施规划和建设方面有待进一步改进、运力资源投放过程中要重点把握运输市场的需求，根据市场需求合理调配各方面的投入。