目的：研究Nephrin与Podocin两种蛋白质的编码基因NPHS1与NPHS2的单核苷酸多态性(SNP)与微小病变性肾病(MCNS)发病及其蛋白尿的关系。 方法：720例外周血DNA样本，包括经肾脏活检证实的MCNS患者226例，及地域匹配的正常对照494例。选择既往在其他肾脏疾病中研究的NPHS1 349G/A，NPHS2 686G/A，695C/T多态性位点，并且进一步在一个小样本中进行多态性位点筛选，选择出两个标签性SNP NPHS2 357C/T与-601C/T，共五个多态性位点，采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)的方法进行关联分析。同时收集患者的性别、年龄、高血压病史、蛋白尿、血尿、血清白蛋白、肌酐、病程及激素治疗等临床资料，分析五个SNP与患者临床表现之间的关系。 结果：(1)MCNS患者中NPHS1 349G/A多态性位点的A等位基因(0.786 VS.0.705)与AA基因型(0.636 vs.0.530) 的频率都显著升高(P<0.05)。(2)MCNS患者中NPHS2-601C/T多态性位点T等位基因(0.571 vs.0.482)与TT基因型(0.304 vs.0.231)的频率均明显高于正常对照(P<0.05)。(3)357 C/T的等位基因与基因型频率在患者与正常对照之间无明显差异。(4)MCNS患者中686G/A、695C/T不存在多态性。(5)NPHS2基因中两个SNP所构成的CC单倍型频率在患者中显著降低(0.427 vs.0.507，P=-0.00427，OR=0.726，95％CI：0.566-0.931)；而TC单倍型频率在患者中显著升高(0.479 vs.0.419，P=0.0325，OR=1.377，95％CI：1.074-1.766)。(6)对于这三个SNP单点分析显示，具有不同基因型患者之间性别、年龄、高血压病史、蛋白尿、血尿、血清白蛋白、肌酐、病程及激素治疗均无明显差异。(7)NPHS2基因中两个SNP所构成的CC单倍型与患者的蛋白尿相关(haplotype score=-1.980，P=0.0477)。(8)对168例MCNS患者的蛋白尿分析显示，CC单倍型与TC单倍型的回归系数分别为-12.904(t=9.05，P<0.001)，17.393(t=7.20，P<0.001)。 结论：对于裂孔隔膜最重要的蛋白质nephrin与podocin的编码基因NPHS1和NPHS2与MCNS的关联分析显示，NPHS1 349G/A、 NPHS2 357C/T和-601C/T三个SNP与中国汉族人群MCNS的发病相关。并且NPHS2基因CC和TC单倍型与MCNS患者蛋白尿水平相关。提示对NPHS1与NPHS2基因多态性的研究有助于阐明肾脏疾病蛋白尿的发病机制。