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油茶是异花授粉植物,由于不断杂交,油茶品种繁多,品种之间的性状差异变小,且油茶育种过程漫长,优良品种需通过长期和大量的调查观测才能发现。本研究以原产于全国各地的400份油茶种质资源材料为研究对象,利用Inter-Simple Sequence Repeats（ISSR）和Start Codon Targeted（SCoT）分子标记技术分别探讨了不同油茶种质间的亲缘关系。研究获得的结果和结论如下:（1）优化了20μL总反应体积的ISSR-PCR反应体系:10μL 2×Taq PCR Master Mix、50 ng模板、1.1μL 10μmol/L引物、剩余用ddH2O补齐。优化了20μL总反应体积的SCoT-PCR反应体系:10μL 2×Taq PCR Master Mix、20 ng模板、1.0μL 10μmol/L引物、剩余用ddH2O补齐。（2）筛选获得12条ISSR引物,从中选择4条条带较好的引物。ISSR引物共扩增出51个条带位点、46个多态性位点;平均每条引物扩增出12.75个条带位点、11.5个多态性位点,平均多态性百分率为90.19%。聚类分析得到400份油茶种质间的相似系数为0.511.00。在相似性系数为0.61时,400份供试样品可划分为七个大类。（3）筛选获得3条SCoT引物。SCoT引物共扩增出49个条带位点、46个多态性位点;平均每条引物扩增出16.33个条带位点、15.33个多态性位点,平均多态性百分率为93.88%。聚类分析得到400份油茶种质间的相似系数为0.541.00。在相似性系数为0.65时,400份供试样品可划分为八个大类。研究首次建立SCoT技术在油茶中的PCR优化体系,并与ISSR技术进行了比较,证明了其比ISSR技术在油茶种质研究中更具优势。ISSR和SCoT分子标记技术对油茶种质的分类及鉴定具有一定价值,两种技术都能从分子水平上揭示油茶种质资源间的多样性差异,为油茶的选育和改良提供了理论依据。