EST-SSR是基于：EST序列或cDNA数据开发的一种分子标记。作为一种新型分子标记，EST-SSR来自表达基因，因而除具备传统基因组来源的SSR标记所有优势外，可能与基因功能表达具有直接或间接关系，从而强化了SSR标记在遗传研究中的应用。本研究利用通过国际合作共享获得的西瓜的EsT序列设计EST-SSR引物，进行EST-SSR标记筛选，同时结合基因组SSR，利用97103×PL296341杂交获得的重组自交系群体的F<,8>代的108个株系构建遗传图谱，并与本实验室已经构建的遗传图谱进行整合，获得的主要实验结果如下： 1.利用基因组SSR引物36个筛选出有多态性表现的SSR引物31对； 2.利用西瓜的EST数据库共享获得的最新820条EST序列进行了微卫星序列的筛选，共发现微卫星序列87条，占整个EST数据库的10.6﹪。二核苷酸重复中AG、GA、CT和Tc较高，三核苷酸重复以CAA所占比例最大。 3.根据筛选EST数据库得到的微卫星序列设计并合成了79对。EST-SSR引物对。经过PCR扩增和银染检测表明，36个引物对在不同西瓜作图亲本PL296341和97103中显示出稳定清晰的带型，可以作为西瓜和相关物种的新的EST-SSR分子标记。 4.利用筛选出来的SSR标记和EST-SSR标记构建了一张西瓜遗传连锁框架图谱。该遗传连锁图谱包括25个标记(16个SSR标记，9个EST-SSR标记)，分为5个连锁群，图谱总长度为174.428cM，标记间平均距离6.977cM/标记。 5.图谱整合，将本次研究得到的遗传连锁框架图谱与易克等在本实验室利用同一群体构建的遗传连锁图谱进行整合，整合后的遗传图谱覆盖基因组长度为763.466cM，分为17个连锁群，包括194个标记，图谱密度为3.935cM/个，包含有65个AFLP标记，81个RAPD标记，30个SSR．标记，5个ISSR标记，9个EST-SSR标记，2个SCAR标记，1个苦味基因Su位点，1个果肉颜色基因W位点。 6.本项研究是世界上首次利用西瓜EST序列开发西瓜EST-SSR标记并进行遗传图谱绘制，具有较高创新性，对西瓜EST-SSR标记开发、葫芦科EST-SSR标记开发以及以后西瓜和葫芦科图谱整合都有重要意义。