公益林区划是我国从生态战略高度出发，为了发挥森林的生态效益、保护森林资产而进行的的一项重大举措。随着集体林权制度改革的实施，农户成为公益林的所有者或经营者。由于公益林的特殊性质，农户对公益林投入了劳动却不能获得林木销售带来的收入，政府有必要对经营公益林的农户进行补偿。自2004年我国全面实施森林生态效益补偿制度以来，公益林建设取得了较大的发展，公益林补偿制度也逐渐得到落实。公益林补偿制度关系着千百万林农的切身利益，关系着我国公益林的保护和发展，关系着我国森林生态安全的长期稳定，是区域经济社会可持续发展的重要基础，是林区社会和谐稳定的重要保障。本文以经济学、管理学的知识为理论基础，在有关学者已有的文献研究基础上，首先，阐述了公益林补偿的基本理论，分析了补偿的实质；其次，介绍了与公益林补偿有关的概念；然后，介绍了我国现行的公益林补偿政策，分析了我国现行补偿政策取得的成就和存在的不足；然后，对我国公益林补偿机制进行全面探讨，具体包括政府补偿机制、市场交易机制和能力支撑机制；接下来，以重庆市武隆县和云南省玉龙县为例，分析了农户经营公益林的投入和产出，提出采用投入产出法和接受意愿法来测算合理的补偿标准，并构建了天保工程区较为合适可行的公益林补偿机制；最后得出了本文的结论，提出了相关政策建议，并指出了本文存在的不足之处。本文认为，农户进行公益林的建设经营活动具有正的外部性，公益林补偿的实质就是通过构建和实施以政府为主导的公益林补偿机制，把这种外部性进行内部化，从而实现资源的优化配置，提高经济运行的效率。我国天保工程区公益林补偿机制的构建至少应包括以下层面：公益林的补偿主体是中央政府，也可考虑将区划地省级政府、流域中下游受益地区的省级政府纳入其中；补偿对象主要是公益林的所有者或经营者，即农户；将来可以把公益林区划地的基层政府纳入补偿对象的范围；补偿标准可以从机会成本和投入产出这两个方面来测算，要根据经济情况的发展实现补偿标准的动态化；补偿期限应为长期；补偿资金来源以政府财政支出为主，适当寻求税费改革和债券贷款等来源；使补偿机制逐渐向市场交易机制和能力支撑机制倾斜，积极探索和采取市场化途径；政府需要制定有针对性的市场化政策措施，建立和完善相关的配套设施，并对农户加以引导；协调天保工程区的矛盾冲突，使天然林资源保护工程、集体林权制度改革和森林分类经营这三者协调发展。