弗朗西斯·克里克在1958年提出了分子生物学的中心法则，从此有关于生物分子研究的重要性开始逐步地提升。随着计算机技术的不断进步，各种各样的计算机生物分子模拟方法被开发出来，而在众多的生物分子研究方法中，分子动力学模拟是最主流的一种方法。但由于我们所研究的分子体系越来越大，利用全原子模型进行模拟时相应的模拟时间也越来越长，为了提高计算效率，本文应用了一种粗粒化粒子模型代替全原子模型进行分子动力学模拟。本文介绍的粗粒化模型是一种改进后的粒子模型，因为考虑到粒子的形状、粒子形状的非对称性以及它们的电荷多极矩效应，我们所采用的粗粒化模型是基于粒子形状非对称性的Gay-Berne势以及电荷多极矩展开势建立起来的。文中我们首先构建了三种RNA分子模型，为了实现粗粒化模型与全原子模型的精确拟合，我们将组成RNA分子的4种碱基、核糖以及磷酸分别构建为六种粗粒化粒子。选取各自的基本构想进行参数拟合，计算它们的范德华相互作用，通过与全原子模型范德华相互作用的比较进行优化，使各项粗粒化参数更接近全原子模型。之后，我们对各个粗粒化粒子的电负性进行分析，确定静电相互作用位点，拟合出它们的静电相互作用参数。利用所得到的GB-EMP参数来构建相应RNA分子粗粒化模型，并对这三种RNA分子粗粒化模型进行分子动力学模拟。拟合出粗粒化模型体系的均方根偏差、径向分布函数等参数后，与全原子模型的各项参数进行比较，进一步优化粗粒化模型。通过对所得各项参数进行的比较分析可知，虽然我们所构建粗粒化模型能够满足各项模拟计算的基本要求，但其精确度仍然可以进一步提高。粗粒化模型的建立及应用，相比于全原子模型大幅度缩短了动力学模拟的时间，提高了计算效率，这种计算时间上的优势在像DNA、RNA这样的大分子体系上体现的尤为明显。