改革开放后,为追求经济利益的最大化,自然资源的过度开发和利用效率的降低,造成资源浪费和资源依附的环境问题日益严峻。为了实现自然资源的可持续发展,构建美丽中国,对自然资源进行绩效审计是十分必要的。由于我国对自然资源开展绩效审计研究的时间晚于国外,现阶段对于自然资源开展绩效审计还处于探索的阶段,为了更加高效地对自然资源进行绩效审计,构建一套科学、合理的指标体系是非常重要。因此,笔者结合中国实际情况构建了一套科学、合理的自然资源绩效审计指标体系。本文主要以受托责任理论、可持续发展理论、成本效益理论为理论基础,探讨了自然资源绩效审计的相关概念。本文将自然资源绩效审计评价指标体系的构建和评价方法作为研究的核心内容,在有关学者研究成果的基础上,本文以河南省水资源为例,利用DPSIR模型从驱动力层、压力层、状态层、影响层和响应层构建评价指标体系,针对水资源进行绩效审计构建了包括定性指标和定量指标共25个指标。从河南省水资源公报、河南省统计年鉴、河南省水利网和河南省环境保护网等搜集相关的指标数据,并通过SPSS17.0软件对构建定量指标进行相关性分析,筛选掉相关性水平较高的定量指标,筛选后指标数变为15个指标,对筛选后指标体系的数据通过标准化处理,通过标准化处理后的指标数据采用MATLAB R2013a软件进行权重的设置。最后并运用综合指数评价法对水资源的利用状况进行评价。对河南省2011年至2014年期间的水资源状况进行综合指数的分析,得到2011年到2014年期间的水资源的综合指数总体呈现出一条波动的曲线,但是波动程度不大,总体来说,河南省在十二五期间水资源质量状况在提高,环境状况在改善。并针对水资源开发利用过程中存在的问题提出了相应的对策。自然资源绩效审计是对自然资源的开发、利用、保护管理情况以及对环境造成的影响进行监督和审查,并对自然资源有关活动进行经济性、效率性、效果性和环境性的鉴证和评价,维护国家资源的安全与完整,最终实现绩效审计免疫功能的新型专项审计。