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为了探索大豆种质遗传完整性检测和研究的最佳方法和探讨影响种质遗传完整性的因素，本研究采用SSR和AFLP两种不同的分子标记方法对我国国家种质库中保存的2-3代不同繁殖年份的30份大豆种质进行了遗传完整性的研究，结果如下：
1．采用30对SSR引物对30份种质不同年份繁殖的材料进行了遗传完整性检测，结果表明，25份种质不同繁殖年份之间未检测到等位基因存在差异，另外5份种质检测到等位基因变化。这表明SSR标记可以用于大豆种质遗传完整的研究。研究中还发现5份等位基因变化的种质中，有3份种质不同繁殖年份材料之间遗传相似性系数较低，分析引起变化的原因可能是由于各繁殖年份材料之间大部分相隔年代久远，他们在繁殖更新时很可能由于受外界条件变化的影响，以及种质在更新繁殖和保存中可能出现了混杂情况。
2．采用6对AFLP引物组合对这30份大豆种质进行了进一步的研究，结果表明，4份种质不同繁殖年份材料之间没有检测到差异条带，其他26份种质检测到了差异条带，每对引物组合在不同繁殖年份材料之间检测出的差异条带数在0至8条之间，这也表明AFLP也可以用于大豆种质遗传完整性的研究。对检测结果进一步分析发现，所有30份种质不同繁殖年份材料之间遗传相似性系数都较高，达到了0.88以上，这也说明了这30份种质遗传完整性有较好的维持。对于检测到的遗传差异，分析原因可能是同一种质在保存和更新中存在一定的随机的遗传变异。
3．对SSR和AFLP两种分子标记检测结果进行了比较分析。从对这两种分子标记都检测到遗传变化的5份种质聚类分析中可以看出AFLP标记在区分同一品种不同繁殖年份样品时更为细致，更能反映出样品间的细微差别，而对于样品间远近关系的趋势，两种标记的结果相似。因此，在检测大豆种质不同繁殖年份样品的遗传完整性时，用AFLP标记更为适宜。对于大豆种质遗传完整性的研究，还需要结合材料的农艺性状进行分析，对检测材料的取样量及所需的SSR引物数量也要做进一步研究。