多重耐药痰潘多拉菌全基因组测序及耐药性分析

来源 :汕头大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:nola0724
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
潘多拉菌属是新出现的环境源性呼吸道致病菌,临床主要在肺囊性纤维化(Cystic fibrosis,CF)患者中检出,近年来越来越多患者慢性感染潘多拉菌属细菌,并且可在患者间传播。目前对潘多拉菌属的基因特点的报道较少。本研究对潘多拉菌属中的痰潘多拉菌进行全基因组测序及基因组学分析,研究此株多重耐药痰潘多拉菌Pspt.912640基因组特点及潜在的致病性。结果如下:
  1、痰潘多拉菌Pspt.912640基因组全长为5,791,067bp,GC含量为62.7%,基因组共预测5,227个基因,总长度为5,035,728bp,平均长度963.41bp,占基因组全长的86.96%。预测出ncRNA91个,基因组中未发现质粒及前噬菌体区域。
  2、比较基因组学分析包括结构变异(共线性)分析、Core-Pan基因分析、基因家族及进化分析显示Pspt.912640菌株与美国囊性纤维化患者痰中分离的痰潘多拉菌株DSM21091(NCBI参考序列:NZ_CP010431.2)及英国国家典型菌株保藏中心保存的痰潘多拉菌NCTC13161(NCBI参考序列:NZ_LT906435.1)在基因及结构上具有较近亲缘关系。
  3、基因功能注释发现Pspt.912640菌株基因组在代谢过程(metabolic process)和细胞进程(cellular process)占有大量比例,还包括细胞膜及相关成分的表达基因,这可能与其对人体的致病性上具有重要意义。
  4、菌株毒力基因包括毒力系统、侵袭力与粘附、分泌系统、群体感应系统、抗吞噬等,其中侵袭力与黏附的毒力相关基因最多。表达生物被膜相关基因(BfmRs,CdpA,Flagella, pmlR/bspR1,Alginate,AdeFGH)是其毒力因素的一个重要特点,部分基因可能与菌株在CF患者中持续存在密切相关。菌株还携带多种抗生素耐药基因,尤其在外排泵编码基因上占有最大比例,耐药结节分化(RND)外排超家族是其主要外排系统,包括CeoAB-OpcM、MexXY-OprM、AcrAB-TolC、AmrAB-OprM、MexAB-OprM外排系统可能是导致其多重耐药的主要原因。
其他文献
期刊
期刊
期刊
期刊
期刊
期刊
报纸
学位
期刊
学位