1626个中国家系的HLA单倍型分析及新等位基因的鉴定

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目的:  分析1626个中国家系的HLA单倍型特征及确定HLA-A、HLA-B、HLA-C和HLA-DRB1新等位基因。  方法:  用聚合酶链反应—直接测序分型法(polymerase chain reaction sequence-based typing,PCR-SBT)检测1626个家庭共6057名成员的HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DRB1和HLA-DQB1位点的等位基因,通过家系分析确定父母的HLA单倍型,并运用Arlequin遗传学软件计算各单倍型频率和连锁不平衡参数。对PCR-SBT分型法无法确定确切HLA等位基因的标本,采用序列特异性引物测序方法测定相应位点的基因序列,并与已知的最相近的相应位点序列比对。可疑新等位基因序列提交Gen Bank注册,向WHO HLA命名委员会申报确认。  结果:  在1626个家系中共检出HLA-A等位基因55种、HLA-B等位基因99种、HLA-C等位基因50种、HLA-DRB1等位基因56种、HLA-DQB1等位基因24种。在HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DR B1和HLA-DQB1位点中基因频率最高的分别是HLA-A*11:01(23.74%)、HLA-B*40:01(11.99%)、HLA-C*07:02(18.02%)、HLA-DRB1*09:01(15.10%)和HLA-DQB1*03:01(20.63%)。在HLA单倍型中频率最高的A-C-B-DRB1-DQB1的单倍型是A*30:01-C*06:02-B*13:02-DRB1*07:01-DQB1*02:02(3.24%),频率最高的A-C-B的单倍型是A*02:07-C*01:02-B*46:01(6.40%),频率最高的A-B-DRB1的单倍型是A*30:01-B*13:02-DRB1*07:01(3.35%),频率最高的A-B的单倍型是A*02:07-B*46:01(6.83%),频率最高的A-C的单倍型是A*02:07-C*01:02(6.75%),频率最高的B-C的单倍型是B*46:01-C*01:02(10.79%),频率最高的B-DRB1的单倍型是B*46:01-DRB1*09:01(5.90%),频率最高的DRB1-DQB1的单倍型是DRB1*09:01-DQB1*03:03(14.68%)。呈现显著连锁不平衡的两座位单倍型有A*02:07-B*46:01、A*33:03-B*58:01、A*30:01-B*13:02、A*02:07-C*01:02、A*33:03-C*03:02、A*30:01-C*06:02、B*46:01-C*01:02、B*58:01-C*03:02、B*13:02-DRB1*07:01、B*58:01-DRB1*03:01、DRB1*09:01-DQB1*03:03和DRB1*03:01-DQB1*02:01等。在29个家庭中观察到HLA单倍型的基因交换重组现象。  确定了8个HLA新等位基因,其中6个已获得WHO HLA命名委员会的正式命名,分别为HLA-A*24:248、HLA-C*01:02:22、HLA-B*46:01:17、HLA-B*46:58、HLA-C*01:02:25和HLA-C*01:91。  结论:  家系HLA单倍型分析是证明紧密连锁基因座位上的等位基因间等位、连锁和重组关系的有力手段,也是分析人类HLA基因多态性变化的重要遗传学方法。HLA六个新等位基因得到了WHO的HLA命名委员会的正式命名,丰富了HLA基因数据库,为器官移植和造血干细胞移植患者寻找更合适的HLA相匹配的供者提供了可靠的参考资料。
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