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背景:血浆游离DNA(circulating cell free DNA,ccfDNA)是细胞外游离存在于血液中的短片段DNA,主要来源于凋亡或坏死的细胞。健康人ccfDNA的含量较低,肿瘤患者体内由肿瘤细胞释放游离DNA可直接反映患者的分子信息,并使体内ccfDNA含量相应增加,对肿瘤的诊断具有重要意义。目的:探索血浆游离DNA含量及甲基化在上皮性卵巢癌诊断中的应用价值。方法:收集2016年4月至2017年1月上海交通大学附属仁济医院收治的上皮性卵巢癌患者术前外周血和健康女性外周血。使用Qiagen QIAamp循环游离DNA试剂盒提取入组人群的血浆游离DNA,采用Qubit 3.0荧光计定量血浆游离DNA浓度,完成ccfDNA提取。随后对样本进行重亚硫酸盐处理、文库构建、目标区域富集、上机测序。t检验评估ccfDNA浓度在EOC患者和健康人中的差异,Pearson检验、Spearman检验进行ccfDNA与临床特征相关性分析。Wilcoxon Rank Sum检验筛选EOC患者与对照组ctDNA差异甲基化位点,构建差异甲基化位点的联合诊断模型。Wilcoxon Rank Sum检验筛选早期和晚期、淋巴结转移与无转移EOC患者ctDNA差异的甲基化位点。结果:(1)上皮性卵巢癌患者ccfDNA浓度显著高于健康女性(P<0.001),ROC曲线下面积为0.755(P<0.001)。(2)上皮性卵巢癌患者ccfDNA浓度与肿瘤体积的对数呈正相关(r=0.78,P<0.001),但与患者年龄、病理类型、FIGO分期、淋巴结转移情况、单双侧、CA125水平及Ki67表达量无显著相关性(P>0.05)。(3)上皮性卵巢癌患者ccfDNA存在128个差异甲基化位点(P<0.05);128个差异甲基化位点的联合诊断模型曲线下面积平均为91.7%;模型稳健性分析曲线下面积平均为98%(P<0.05)。(4)早期EOC患者与晚期EOC患者ccfDNA存在7个差异甲基化位点;淋巴结转移与无转移EOC患者ccfDNA存在21个差异甲基化位点(P<0.05)。结论:血浆游离DNA浓度有助于上皮性卵巢癌的诊断,并可间接反映卵巢癌患者体内的肿瘤负荷;上皮性卵巢癌患者ctDNA差异甲基化位点有助于EOC的诊断,并对其分期、肿瘤转移等临床状态的评估具有一定的参考价值。提示ccfDNA有望成为上皮性卵巢癌诊断及临床监测的新方法。