随着社会主义市场经济体制改革的纵深推进和金融体制改革的不断深化，中国的宏观调控体系不断完善。货币政策作为宏观调控的重要手段之一，在保持国民经济总量基本平衡，维持物价基本稳定，引导国民经济持续、健康、快速发展等方面发挥着越来越重要的作用。货币政策旨在对国民经济整体进行统一的调控，以总量性指标调控为主，因此，其发挥预期效应的前提是一国内部经济发展较为平衡。但是，经济体制转型时期，中国经济社会发展的不平衡性十分突出，主要表现为区域发展不平衡、产业发展不平衡、城乡发展不平衡、国有经济与非国有经济发展不平衡、金融体系发展不平衡、内外部经济发展不平衡、经济发展与社会发展不平衡等等。经济社会发展的不平衡与中央银行以总量调控为主的货币政策之间必然会存在矛盾，产生货币政策的差异效应问题。与西方市场经济国家相比，中国货币政策差异效应的表现更为突出，形成的原因也更为复杂。本文通过统计观察，同时估计了中国的货币供给方程，构建向量自回归模型，并利用脉冲响应函数对不同层面的差异效应进行了实证检验。结果表明，中国的货币政策在区域之间、行业之间、城乡之间、不同产权结构企业之间以及可控和非可控金融部门之间五个层面均存在差异效应。货币政策差异效应形成的原因是多方面的。体制转型时期，中国经济的多重二元结构及其所反映出的一系列体制性矛盾和发展失衡是最为重要的原因，也是最值得关注的原因。具体而言，区域经济二元结构下，区域投资收益率的不同、金融发展水平和对外开放程度的差异促使区域差异效应的形成；价格形成机制的二元结构以及行业内部国有资本占比的差异使得货币政策对不同行业的效力存在差异；城乡体制二元机构下，城乡金融发展不平衡以及农业生产的比较收益长期偏低是城乡差异效应形成的重要原因；不同产权结构企业间差异效应的形成则源于市场环境二元结构下融资环境和约束机制的差异；金融抑制的背景下，形成了金融供给主体的二元结构，由于监控体制的缺失，货币政策在可控和非可控金融部门间也存在差异效应。货币政策差异效应的存在会增加中央银行宏观调控的难度，降低调控的准确性，影响货币政策最终目标的实现，降低宏观调控的绩效，甚至进一步加剧经济发展的不平衡性。克服货币政策差异效应的影响，必须进一步优化货币政策的实施环境，完善货币政策传导机制，其根本途径在于深化体制改革，消除转型过程中一系列深层次的体制性矛盾，转变中国经济的多重二元结构，缓解经济发展的失衡。但是，无论是结构性问题的解决还是体制性矛盾的消除，都有赖于体制转型和改革的全面深入。由于中国的体制改革始终遵循的是先易后难、由外围向核心推进的渐进式改革模式，随着改革向纵深推进，未来的任务将越来越重，要求将越来越高，难度将越来越大，因此，货币政策多个层面的差异效应将长期存在。基于此，短期内，中央银行应创新货币政策的调控模式，包括增强货币政策调控的灵活性，积极探索货币政策的适度差异化等等。