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桃拉综合征病毒的分子流行病学桃拉综合征病毒(Taura syndrome virus，TSV)是引起全球对虾尤其是凡纳滨对虾(Penaeus vannami)急性传染病的病原之一，近年来经常在我国引发虾病。但到目前为止，中国很少做过TSV的流行病学调查。采集漳州、厦门、深圳、阳江、宁波、广州、海口7个地区31个养殖场的对虾共310尾，以RT-PCR技术检测TSV。结果310尾对虾中有166尾感染TSV，阳性率达到53.5％。各地凡纳滨对虾感染TSV的阳性率分别为100％(漳州)、97％(厦门)、33.3％(深圳)、40.7％(阳江)、50％(宁波)、40％(广州)，表明凡纳滨对虾在各地均有一定比例感染TSV。用Southern blot杂交和测序验证RT-PCR反应的特异性。克隆测序的结果通过Blast与Genbank中的序列进行比对，各地TSV分离株231bp核苷酸同源性为98.7～100％，将这些序列绘制成基因树，与已发表的序列比较，显示：美国分离株HI94、墨西哥分离株MX1、台湾分离株TW1及巴西分离株BLZ01分布在一个分支上：越南株(YN1)与本次测序的21个中国大陆株分布于另一分支上。这21个中国株聚集成群，与越南株形成并列的两个分支。而来自广州的5个分离株(GUZ2、GUZ16、GUZ25、GUZ29、GUZ31)又聚集成群与深圳的2个分离株(SZB4、SZB6)构成中国株的一个子分支。 桃拉综合征病毒中国株的全基因测序及分析设计8对引物分片段扩增桃拉综合征病毒中国分离株ZHZC3全基因组，病毒两末端序列采用末端快速扩增方法(RACE)获取。扩增产物克隆到DMD18-T载体并测序，用DNAstar软件拼接全序列及同源性比较。结果显示ZHZC3全序列除去3’ poly(A)尾，由10202个碱基组成，有两个开放阅读框，分别编码2107和1011个氨基酸的聚蛋白。与美国参考株HI94相比，在编码区没有核苷酸的缺失和插入，但在5’ UTR缺失3个A，两者整体核酸同源性达97.9％。ORF1中ZHZC3与HI94及巴西株(BLZ01)的核酸同源性分别为97.6％、97.7％，在ORF2中ZHZC3与HI94、BLZ01的核酸同源性则分别为98.3、97％。与国外株ORF2的部分序列比较发现：ZHZC3和中国台湾株均与美国株HI94同源性最高。克隆分析6株TSV中国大陆株主要结构蛋白CP2基因，发现其编码的氨基酸存在三个高变区，中国大陆株更有其独特的氨基酸变异模式，312(S)，449(A)，451 Q)和468(H)。表明该病毒的整体变异性不高，但中国的流行株已形成其自己的遗传演变特征。在此基础上，利