目前,随着我国土地流转速度加快、流转的土地规模扩大,农民权益遭受侵害。我国的法律对保护农民权益做了相应的规定,如2002年颁布2003年开始实施的《中华人民共和国农村土地承包法》赋予农民土地承包经营权流转主体地位的权利.2007年《物权法》将农户的土地承包经营权的性质由债权上升到物权,加强了对农民土地财产权的保护。然而,在土地流转中,这些法律规定并没有有效的保护农民权益。主要表现为：(1)城市居民或工商业者购买或租用农户土地用于非农生产；(2)村级组织或乡镇基层政府取代农户的土地流转主体地位,强制流转土地;(3)村级组织或乡镇基层政府私自更改土地流转期限、土地用途；(4)农户得到的土地流转补偿费用较低或者没有补偿费用。这些现象违反了“依法、自愿、有偿”流转原则,反映了土地流转中对农民所拥有的土地占有权、使用权、部分流转权和部分收益权的侵害。造成农民权益受损的原因主要有：(1)土地产权制度不完善。这是农民权益受损的产权原因；(2)法律赋予农民的权利不足。农民权益遭到侵害时很难得到有效的救济；(3)村级组织角色错位。它取代了农民而成为土地流转的主体。因此,现有的法律制度对农民的赋权不足和农民权益遭受侵害后的治权(维权)滞后,是导致土地流转中农民权益得不到保障的原因,这两点结论也是本研究的创新点。通过研究,针对土地流转中农民权益的保障提出几点建议：(1)完善土地产权制度,赋予农民更多的权利；(2)完善土地流转管理制度,培育农民权益保护中介组织;(3)提高土地流转费用(4)完善法律制度,明确农民权益；(5)严格执法,加强监督管理。