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本论文包括三部分内容:第一部分:9号染色体短臂异常急性淋巴细胞白血病(ALL)的临床及实验室特点回顾性分析;第二部分:abn(9p)异常ALL中常见基因缺失、突变检测及预后因素分析;第三部分:23例涉及9p双着丝粒染色体(dic)异常ALL的研究第一部分9号染色体短臂异常ALL的临床及实验室特点回顾性分析目的:评估我中心ALL中伴随9号染色体短臂异常(abn(9p))ALL的发生率,分析该类ALL的临床及实验特点,揭示我中心该类病例特点。方法:回顾性分析2005年6月-2016年9月就诊于我中心的ALL病例,采用骨髓细胞直接法和/或短期培养法制备染色体,采用R显带进行核型分析,筛选遗传学存在abn(9p)病例,分析其特点。结果:1.从2231例ALL中筛选出174例abn(9p)异常ALL,abn(9p)发生率为7.8%,其中男女比例为106:68,中位年龄33.0岁(范围4-78岁),15-39岁组占52.9%,中位白细胞数为32.4×10E9/L[(0.92-650)×10E9/L],中位乳酸脱氢酶值为461U/L[(136-8310)U/L]。2.核型结果显示9p缺失异常占29.9%(52例),双着丝粒异常占13.2%(23例),t(9;V)异常占8.6%(15例),inv(9p)占4.6%(8例),+9/9p+异常占1.1%(2例),复杂核型异常(≥5种异常)比例占45.6%(89例)。伴随核型异常最常见为t(9;22),其次为del(20q)。结论:本研究中abn(9p)异常ALL具有一定的特点,表现为高白,发病年龄集中于15-39岁之间,肝脾淋巴结肿大等。核型结果显示abn(9p)异常中del(9p)/-9/i(9q)即9p缺失发生率高,而t(9;v)、dic(9p;v)、+9/9p+、inv(9p)等其他异常发生率相对较低。伴随异常最常见为t(9;22),其次为del(20q),与文献报道不尽相同,具有我中心独特遗传学异常特征。第二部分abn(9p)异常ALL中常见基因缺失、突变检测及预后因素分析目的:检测abn(9p)异常ALL中常见基因缺失、突变的发生率,了解基因缺失、突变的预后意义,并在此基础上结合核型建立预后积分系统评价疾病预后。方法:应用FISH技术行CDKN2A、PAX5、P53、RB1等基因缺失检测,并应用聚合酶链反应(PCR)产物测序法检测IKZF1、NOTCH1、P53及HOX11基因突变,SPSS21.0统计软件,Log-rank检验用于单因素的生存分析,Kaplan-Meier法绘制生存曲线,COX回归模型进行多因素预后分析,判断影响预后的因素。结果:1.该组病例中初诊ALL 161例,CML急淋变者13例。CDKN2A基因缺失阳性者66例(70.2%),PAX5基因重排阳性者34例(58.6%),RB1缺失阳性者7例(6.3%),P53基因缺失阳性者13例(11.8%)。2.31例ALL行基因突变检测,其中IKZF1基因突变阳性者5例(16.1%),NOTCH1基因突变阳性者3例(9.7%),P53基因突变者1例(3.2%),HOX11基因突变1例(3.2%),余21例以上4种基因突变均为阴性。3.影响EFS因素分析:单因素分析显示染色体核型(P=0.010)、ECOG评分(P=0.035)、P53基因(P=0.009)、诱导缓解(P=0.007)、深度分子学缓解(MRD)(P=0.002)、免疫分型(P=0.025)具有统计学差异。多因素分析显示复杂核型(核型异常≥5种)、MRD>10E4、及BCR-ABL融合基因阳性均显著影响EFS(P<0.05)。根据以上因素建立影响EFS积分系统,可区分不同疾病EFS长短[低危因素(≤2分),高危因素(≥3分):P=0.002)]。4.影响OS因素分析:该组abn(9p)异常ALL预后较差,5年总体生存率仅为17.55%。单因素分析显示年龄(P=0.012)、WBC(P=0.039)、LDH(P=0.025)、BCR-ABL融合基因(P=0.007)、免疫分型(P<0.001)、基因突变(P=0.002)、P53基因(P=0.008)、危险分层(P<0.001)、治疗方法(P=0.006)、PAX5基因缺失阴性伴CDKN2A基因双缺失组(P=0.013)均显示出统计学差异。多因素分析影响OS因素示:年龄大于31岁、WBC>25×10E9/L、LDH>375U/L、BCR-ABL融合基因阳性、T淋系表达、基因突变阳性、P53基因缺失、高危组、单纯化疗均显示出统计学差异(P<0.05)。根据以上因素建立影响OS积分系统,可区分疾病不同预后[低危组(1-4分)vs高危组(5-6分):P=0.011)]。结论:1.9p异常ALL中CDKN2A、PAX5、P53、RB1基因异常率高于其他ALL。2.同时伴随BCR-ABL融合基因、T淋系表达、P53基因缺失阳性、高危组、PAX5基因缺失阴性伴CDKN2A双缺失等为不良预后因素。3.利用临床及实验室参数分别建立EFS及OS积分系统,可以较好预测EFS及OS情况,区分不同预后。第三部分23例涉及9p双着丝粒染色体(dic)异常ALL临床和实验研究目的:分析我中心涉及9p双着丝粒异常ALL的临床及实验室特征,分析双着丝粒易位是否产生新的融合基因。方法:对23例9p异常ALL双着丝粒易位病例,应用FISH技术和相应着丝粒探针进行验证,对其中部分病例抽提DNA及RNA行a CGH、SNP及转录组测序,分析断裂点所涉及基因,判断有无融合基因形成,并设计引物行PCR验证。结果:1.共23例双着丝粒异常ALL,男女比例为16:7,中位年龄38岁(10-78岁)。其中dic(9;20)异常9例(39.1%);dic(1;9)异常1例(4.3%);dic(4;9)异常1例(4.3%);dic(7;9)异常5例(21.7%);dic(8;9)异常1例(4.3%);dic(9;12)异常5例(21.7%);dic(9;17)异常1例(4.3%)。2.对其中4例标本行a CGH及SNP检测,分析发现4例患者均出现9p及20q的缺失,断裂点显示出异质性及不稳定性。对3例患者标本足够者送检转录组测序显示,例3结果显示形成EXOSC3-PIGU新的融合基因,PCR及测序证实为EXOSC3及PIGU基因融合。结论:9p双着丝粒异常发生比例低,常见为dic(7;9)、dic(9;12)及dic(9;20),并常有其他伴随异常,其中t(9;22)最常见。Dic(9;20)异常断裂点存在异质性,其CDKN2A、PAX5、P53及RB1基因缺失比例均高于abn(9p)异常中其他亚组。本研究发现一新的dic(9;20)断裂点(EXOSC3-PIGU),并经PCR产物测序证实该断裂点基因发生融合,拟进一步对该新的融合基因进行研究。