鸡主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex, MHC)是由紧密连锁、高度多态的基因座所组成的位于16号染色体上的一个遗传区域,与多种疾病的抗性或易感性相关。本研究以饲养在相同条件下的中国地方鸡种北京油鸡和引进品种来航蛋鸡各250只母鸡为试验动物,比较了两品种主要免疫功能性状之间的差异,利用PCR-SSCP分型技术对两鸡种MHC-B-F区Exon2基因进行多态性分析和比较,通过关联分析,筛选出与不同免疫性状显著相关的SNPs位点,研究结果如下:1、北京油鸡和来航蛋鸡的免疫性状比较:①北京油鸡的异嗜性粒细胞与淋巴细胞比率(Heterophil/Lymphocyte,H/L)为0.36±0.21,来航蛋鸡为0.52±0.51,二者呈显著性差异(P<0.001);北京油鸡的白细胞总数(blood white cell count,BWCC)明显高于来航蛋鸡(P<0.001);②绵羊红细胞(sheep blood red cell, SRBC)抗体滴度在两品种之间差异不显著(P>0.05);③4次测定禽流感(Avian Influenza, AI)(H5N1毒株)免疫抗体滴度,北京油鸡都均高于来航蛋鸡,差异均达到极显著水平(P<0.001)。④同期测定新城疫疫苗(Newcastle Disease, ND) (La Sota毒株)抗体滴度,北京油鸡的4个测定日龄的ND滴度均高于来航蛋鸡(P<0.001)。该研究结果初步显示,北京油鸡和引进来航蛋鸡品种的免疫功能性状具有明显的遗传差异,北京油鸡的综合免疫性能和抗应激能力优于来航蛋鸡。2、北京油鸡和来航蛋鸡的B-F区外显子2遗传多态性比较:B-F区基因外显子2共264bp。在67个北京油鸡外显子2的碱基的序列中发现了50个核苷酸变异位点,其中有31个引起了氨基酸的变异;在134个来航蛋鸡发现了42个核苷酸变异位点,其中有25个引起了氨基酸的改变,两个品种均表现出核酸同源性(213/264,223/264)高于氨基酸序列(57/88,63/88)的同源性,表明其序列多态性更多地表现在氨基酸水平上。通过对两品种序列中突变位点的比较,发现36个SNP位点在两品种中均出现,14个核苷酸突变为北京油鸡所特有,其中12个为有义突变;来航蛋鸡特有的SNP位点仅为6个,其中只有2个为有义突变。该结果表明了北京油鸡无论是在DNA分子水平还是氨基酸水平上,其多态性均高于来航蛋鸡。3、MHC B-F区基因的SNPs与免疫性状的关联分析:对134只来航蛋鸡进行MHC B-F区基因外显子2 SNPs位点与免疫性状进行关联分析,共发现的有义突变中有11个SNPs位点与所检测的部分免疫性状存在不同程度的显著相关性,其结果为: 64位点的SNP与H/L显著相关(P<0.05);182位点与SRBC相关(P P<0.05);69、218、220、221、223、235共六个位点均发现与ND抗体滴度水平显著相关(P<0.05);214、217、232位点与AI抗体滴度显著相关(P<0.05)。同时,对67只北京油鸡进行MHC B-F区基因外显子2的SNP位点与免疫性状进行关联分析,共发现的有义突变中有5个SNPs位点与所检测的部分免疫性状存在不同程度的显著相关性:158、221、194和192位点的SNPs均发现与ND免疫抗体滴度值存在不同程度的相关性(P<0.01,P<0.05);214位点的SNP发现与AI抗体滴度水平呈现显著相关(P<0.05)。两个品种中共同存在214位点的SNP,均发现与禽流感免疫抗体滴度显著相关(P<0.05)。两个品种在该位点的基因频率和基因型频率分布均趋于一致。