【摘 要】
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背景及目的:幽门螺杆菌是胃炎及胃溃疡等疾病的主要病因之一,也是世卫组织认定的Ⅰ类致癌物。早期检测幽门螺杆菌对胃癌一级预防具有重要意义。临床上已有许多幽门螺杆菌检测方法,如快速尿素酶试验、尿素呼气实验等,均具有较好的灵敏度和特异度。然而,由于设备要求高及取样困难等原因,目前仍没有一种方法能够实现人群大规模检测。因此,建立一种适用于人群大规模检测的无创、快速检测方法显得尤为重要。越来越多的研究表明CR
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背景及目的:幽门螺杆菌是胃炎及胃溃疡等疾病的主要病因之一,也是世卫组织认定的Ⅰ类致癌物。早期检测幽门螺杆菌对胃癌一级预防具有重要意义。临床上已有许多幽门螺杆菌检测方法,如快速尿素酶试验、尿素呼气实验等,均具有较好的灵敏度和特异度。然而,由于设备要求高及取样困难等原因,目前仍没有一种方法能够实现人群大规模检测。因此,建立一种适用于人群大规模检测的无创、快速检测方法显得尤为重要。越来越多的研究表明CRISPR技术能够在诊断感染性疾病方面发挥作用。基于此技术已成功建立多种检测方法,实现对多种病原体的快速、灵敏检测。然而,该技术尚未应用于幽门螺杆菌检测。本研究基于CRISPR技术建立一种无创的新型检测方法,解决现有检测方法存在的设备要求较高等问题,实现从粪便样本中快速检出幽门螺杆菌,为临床检测提供一种替代性的选择。方法:1.通过NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov)查找幽门螺杆菌等螺杆菌属细菌的全基因组序列,使用生物信息学方法进行同源性比对和序列分析,从中选择种内保守、种间变异的序列作为靶标区域。2.利用Primer Premier5软件设计重组酶聚合酶扩增(Recombinase Polymerase Amplification,RPA)反应所用的引物。3.利用 http://www.rgenome.net/cas-designer/等在线软件辅助设计引导 RNA(guide RNA,gRNA)。4.利用琼脂糖凝胶电泳和荧光法分别检测RPA和CRISPR反应产物,评价RPA引物和gRNA的优劣5.提取幽门螺杆菌质粒,梯度稀释后进行RPA及CRISPR反应以明确检测极限。6.按照肠道常见菌等标准挑选菌株。提取细菌基因组DNA并进行RPA及CRISPR反应以评价特异性。7.提取粪便样本总DNA,进行CRISPR检测并将检测结果与临床诊断进行比较,计算CRISPR检测法的灵敏度和特异度。结果:1.核酸电泳显示第四对扩增引物(RPAF4/R4)扩增效果最好。2.荧光检测结果表明gRNA 1优于gRNA 2。3.荧光检测结果显示CRISPR检测法的检测极限为1 copy/μl而胶体金试纸检测结果显示检测极限为5 copies/μl。4.荧光检测结果及胶体金试纸检测结果均表明CRISPR检测法不会与选定的菌株发生交叉反应。5.与临床诊断相比,CRISPR检测法的灵敏度和特异度分别为88.5%和100%。结论:基于CRISPR技术的幽门螺杆菌检测方法具有良好的检测极限和特异性。在临床样本检测中,与临床诊断相比,CRISPR检测法的灵敏度和特异度分别为88.5%和100%。CRISPR检测法对设备要求较低,能实现无创、便捷检测,为临床应用提供更多选择。
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